合同上以不定时工作制抵消年休假的条款，一般是不合法的。以下从不同角度进行分析：
法律背景与规定
根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，劳动者享有休息休假的权利，其中包括年休假。年休假是劳动者在连续工作一定时间后，依法享受的带薪休假，这是劳动者的基本权益之一。不定时工作制，作为一种特殊的工作制度，主要适用于因生产特点、工作特殊需要或职责范围的关系，无法按标准工作时间衡量或需要机动作业的职工。然而，不定时工作制并不意味着劳动者不享有年休假。
条款合法性分析
不定时工作制与年休假的关系：不定时工作制主要关注的是工作时间的灵活性和不确定性，而年休假则是劳动者在连续工作后应享有的休息权利。两者在性质上并不冲突，也不存在相互抵消的法律基础。因此，合同中以不定时工作制抵消年休假的条款，缺乏法律依据。
劳动合同的合法性原则：劳动合同的订立和履行应当遵循合法、公平、平等自愿、协商一致、诚实信用的原则。以不定时工作制抵消年休假的条款，可能损害劳动者的合法权益，违反了劳动合同的合法性原则。
劳动者的权益保护：劳动者在签订劳动合同时，有权了解并享受自己应得的权益，包括年休假。如果合同中存在以不定时工作制抵消年休假的条款，劳动者有权拒绝并要求修改或删除该条款。
可能的法律后果
如果合同中确实存在以不定时工作制抵消年休假的条款，且该条款被认定为违法，那么该条款将无效。劳动者有权要求用人单位按照法律规定给予年休假，并可能因用人单位的违法行为而获得相应的赔偿或补偿。
建议与行动
审查合同条款：劳动者在签订劳动合同时，应仔细审查合同条款，确保自己的权益不受损害。如果发现合同中存在以不定时工作制抵消年休假的条款，应及时与用人单位沟通并要求修改。
咨询法律专业人士：如果劳动者对合同条款的合法性存在疑问或争议，可以咨询法律专业人士，如律师或劳动法律顾问，以获取专业的法律意见和帮助。
维护自身权益：如果用人单位拒绝修改违法条款或拒绝给予年休假，劳动者可以向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
综上所述，合同上以不定时工作制抵消年休假的条款一般是不合法的。劳动者在签订劳动合同时应仔细审查合同条款，确保自己的权益不受损害，并在必要时寻求法律帮助以维护自身权益。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。