刑事立案后停发工资的处理需分情况讨论，核心结论如下：

1. 若员工被刑事拘留或逮捕，用人单位可依法停发工资
   根据《关于贯彻执行〈中华人民共和国劳动法〉若干问题的意见》第28条，劳动者涉嫌违法犯罪被有关机关收容审查、拘留或逮捕的，用人单位在劳动者被限制人身自由期间，可与其暂时停止劳动合同的履行。此时停发工资具有合法性，但需注意：
   

• 停发范围仅限于被限制人身自由期间，若后续无罪释放或未被追究刑事责任，用人单位需补发该期间工资；
  
• 若劳动者被判处管制、拘役或有期徒刑缓刑，劳动关系继续存续，用人单位需按劳动合同或规章制度支付工资（但可依法调整岗位或工作内容）。

1. 若员工未被限制人身自由（如仅被立案调查），用人单位无权单方停发工资
   刑事立案仅表明司法机关启动调查程序，不等于认定员工有罪。根据《劳动合同法》第30条，用人单位必须按时足额支付劳动报酬，否则员工可：
   

• 向劳动监察部门投诉，要求用人单位限期支付；
  
• 申请劳动仲裁，主张工资及拖欠工资25%的经济补偿金（部分地区按50%-100%标准）；
  
• 若用人单位以“刑事立案”为由违法解除劳动合同，员工还可主张违法解除赔偿金（2N倍月工资）。

1. 特殊情形：员工因刑事案件无法履职，用人单位可协商处理
   若员工因配合调查、取保候审等客观原因无法正常出勤，用人单位可：
   

• 与员工协商事假或停薪留职，但需签订书面协议明确权利义务；
  
• 若员工长期无法履职，可依据《劳动合同法》第40条，以“客观情况发生重大变化”为由解除合同，但需支付经济补偿金（N倍月工资）并提前30日通知。

行动建议：

• 对员工：保留工资条、劳动合同、刑事立案通知书等证据，若用人单位违法停发工资，优先通过劳动仲裁维权；
  
• 对用人单位：避免以“刑事立案”为由直接停发工资，需区分员工是否被限制人身自由，并严格遵守法定程序。
  

如有具体案件细节（如立案阶段、员工状态等），可进一步向我咨询，我会结合证据材料提供针对性方案。