个人在与运输公司签订运输协议后不提供发票，是否违法需分情况讨论：

1. 若个人属于增值税应税劳务的提供者（如个体运输户）
   根据《中华人民共和国发票管理办法》第十九条，销售商品、提供服务以及从事其他经营活动的单位和个人，对外发生经营业务收取款项，收款方应当向付款方开具发票。因此，若个人以经营性身份（如个体工商户、挂靠运输企业等）承接运输业务，收取运费后拒开发票，属于违法行为，税务机关可责令改正并处1万元以下罚款；若存在偷逃税款的，还需补缴税款及滞纳金，并可能面临更高额度的罚款。

2. 若个人属于非经营性自然人（如偶尔提供运输服务的个人）
   根据现行税法，自然人偶尔提供运输服务不属于增值税应税行为（除非达到起征点或主动办理税务登记），此时个人无强制开发票义务。但运输公司若需税前扣除成本，可要求个人到税务机关代开发票（此时个人需配合办理代开手续）。若个人拒绝配合且运输公司无法取得合法凭证，可能导致运输公司企业所得税税前扣除受阻，但个人本身不因此直接违法。

实务建议：

• 对运输公司：签订协议时应明确发票开具条款（如“乙方应在收款后X日内提供合法有效发票”），并约定违约责任；若对方拒开发票，可向税务机关举报或通过诉讼主张权益。
  
• 对个人：若以经营性身份承接业务，应主动开具或代开发票，避免税务风险；若为非经营性自然人，可提前与运输公司沟通代开发票的流程及税费承担问题。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体场景下的法律风险。