工程发票由第三方开具是否可以立案，需结合具体情形判断，可能涉及虚开发票等违法行为，符合立案条件的可依法立案。以下从不同角度展开分析：
从虚开发票的构成要件看
根据《刑法》第二百零五条及《发票管理办法》规定，虚开发票包括为他人、为自己开具与实际经营业务情况不符的发票，让他人为自己开具与实际经营业务情况不符的发票，或介绍他人开具此类发票。若第三方与工程实际施工方、建设方无真实业务往来，却开具工程发票，或开具的发票金额、内容与实际工程不符（如虚构工程量、材料用量等），则可能构成虚开发票行为。一旦虚开发票的数额或情节达到刑事立案标准（如虚开税款数额1万元以上或致使国家税款被骗取5000元以上），公安机关可依法立案侦查。
从合同关系与发票合规性看
若工程合同明确约定发票开具方为施工方或特定主体，而实际由第三方开具，且第三方与合同双方无合法授权或代理关系，则可能涉及合同违约与发票违规。此时，若第三方开具的发票被用于税务抵扣、财务报销等，导致国家税款流失或企业财务数据失真，税务机关可依据《税收征收管理法》对相关主体进行行政处罚（如罚款、没收违法所得）；若情节严重（如多次违规、数额巨大），可能移送公安机关立案追究刑事责任。
从民事纠纷与刑事犯罪的界限看
若第三方开具发票的行为仅涉及合同纠纷（如施工方委托第三方代开发票但未明确授权，或第三方开具的发票形式合法但内容不实），且未造成国家税款损失或其他严重后果，则可能属于民事纠纷范畴，可通过诉讼解决（如要求重新开具合规发票、赔偿损失等）。但若第三方与工程相关方恶意串通，通过虚开发票骗取工程款、套取资金或逃避税务监管，则可能同时构成民事欺诈与刑事犯罪，公安机关可依法立案。
建议：若您遇到工程发票由第三方开具的情况，需立即核查发票内容与实际工程是否一致、第三方是否具备合法开具资格、是否涉及资金异常流动等关键事实。若发现虚开发票线索，可向当地税务机关举报或直接向公安机关报案；若仅涉及合同履行问题，可收集证据通过民事诉讼维权。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体处理方案。