结论：公司申请破产时，员工工资既需要申报债权，管理人也会主动查询相关仲裁案件，两者并不冲突，而是相互补充的关系。

详细分析：

1. 员工工资申报债权的必要性：

   • 根据《中华人民共和国企业破产法》的相关规定，员工工资属于破产债权的一部分。在破产程序中，员工有权向管理人申报其工资债权，以确保其权益得到保障。
   • 申报债权是员工参与破产程序、主张自己权益的重要途径。通过申报，员工可以明确自己的债权金额、性质等，为后续的债权确认和分配打下基础。
   • 如果员工不申报债权，可能会面临无法参与破产财产分配的风险，从而损害其合法权益。

2. 管理人查询仲裁案件的职责：

   • 在破产程序中，管理人负责全面接管破产企业，包括其财务、人事等事务。因此，管理人有责任查询与破产企业相关的仲裁案件，以了解企业的债务情况。
   • 如果员工与公司之间存在工资争议，并已经通过仲裁程序解决，那么管理人应当主动查询这些仲裁案件，以确认员工的工资债权金额和性质。
   • 管理人查询仲裁案件有助于其更准确地编制债权表，为后续的破产财产分配提供依据。

3. 两者之间的关系：

   • 员工工资申报债权和管理人查询仲裁案件是相互补充的关系。员工申报债权是主动主张自己的权益，而管理人查询仲裁案件是履行其职责，确保破产程序的公正、公平进行。
   • 在实际操作中，员工应当积极申报债权，并提供相关证据材料。同时，管理人也应当主动查询与破产企业相关的仲裁案件，以确保员工工资债权的准确确认和分配。

法律建议：

• 对于员工而言，如果公司申请破产，应当及时向管理人申报自己的工资债权，并提供相关证据材料，如劳动合同、工资单、仲裁裁决书等。
• 对于管理人而言，应当认真履行职责，主动查询与破产企业相关的仲裁案件，确保员工工资债权的准确确认和分配。同时，管理人还应当及时通知员工申报债权，并告知其申报债权的程序和要求。

可能后果：

• 如果员工未按时申报债权，可能会面临无法参与破产财产分配的风险，从而损害其合法权益。
• 如果管理人未履行查询仲裁案件的职责，可能会导致员工工资债权确认不准确或分配不公，进而引发法律纠纷和不良社会影响。

因此，公司申请破产时，员工工资既需要申报债权，管理人也会主动查询相关仲裁案件，两者共同构成了保障员工权益的重要机制。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。