核心结论：工程项目未交付，业主使用后自行整改的费用计算需分情况讨论，主要取决于业主与施工方之间的合同约定、整改原因及责任归属等因素。以下分情况详细说明：
若因施工方原因导致工程未交付且存在质量问题，业主自行整改
- 费用承担原则：根据《民法典》第七百九十九条，建设工程竣工后，发包人应当根据施工图纸及说明书、国家颁发的施工验收规范和质量检验标准及时进行验收。验收合格的，发包人应当按照约定支付价款，并接收该建设工程。建设工程竣工经验收合格后，方可交付使用；未经验收或者验收不合格的，不得交付使用。若施工方交付的工程存在质量问题，导致业主无法正常使用，业主在通知施工方后，施工方拒不整改或整改不力的，业主有权自行整改，相关费用应由施工方承担。
- 费用计算方式：业主需保留整改过程中的所有费用凭证，包括但不限于材料费、人工费、设备租赁费等，并尽可能提供整改前后的对比照片、视频等证据，以证明整改的必要性和合理性。在计算费用时，应遵循市场合理价格原则，避免虚报或夸大费用。若双方无法就费用达成一致，可通过司法鉴定等方式确定合理费用。
若因业主原因导致工程未交付，业主自行整改
- 费用承担原则：若工程未交付是由于业主自身原因（如未按时支付工程款、变更设计要求等）导致的，且工程本身不存在质量问题，业主自行整改的费用应由业主自行承担。因为在此情况下，施工方已按照合同约定完成了施工任务，无需对业主的后续行为负责。
- 费用计算方式：业主自行整改的费用计算同样需遵循市场合理价格原则，并保留好相关费用凭证。若整改过程中涉及对原工程的破坏或改动，业主还需承担相应的修复或恢复费用。
若双方对工程未交付及整改责任存在争议
- 解决途径：若双方对工程未交付的原因、整改责任及费用承担等问题存在争议，可通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式解决。在协商或调解过程中，双方可邀请第三方机构（如行业协会、监理公司等）进行评估和鉴定，以明确责任归属和费用承担比例。若协商或调解无果，双方可依据合同中的仲裁条款或事后达成的仲裁协议向仲裁机构申请仲裁；若合同中未约定仲裁条款或事后未达成仲裁协议，双方可向人民法院提起诉讼。
- 费用计算与证据保留：在争议解决过程中，双方均需保留好与工程未交付及整改相关的所有证据材料，包括但不限于合同、施工图纸、验收报告、整改通知、费用凭证等。这些证据材料将作为确定责任归属和费用承担的重要依据。