工程未交付但发包人擅自使用后，工程款利息的计算需分情况讨论，核心结论如下：

1. 利息起算时间
   根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》第二十七条，利息从应付工程价款之日开始计付。若合同对付款时间有约定，按约定执行；无约定或约定不明时，以下列时间点为应付工程价款之日：

   • 工程已实际交付的，为交付之日；
     
   • 工程未交付但发包人擅自使用的，以转移占有工程之日为利息起算点；
     
   • 工程未交付且未使用的，以提交竣工结算文件之日为起算点。
     关键点：发包人擅自使用工程的行为，视为其对工程质量的认可（法律拟制），此时利息起算不再以“交付”为前提，而是以“实际使用”为准。

2. 利息计算标准

   • 有约定时：按合同约定的利率计算，但不得超过合同成立时一年期贷款市场报价利率（LPR）的四倍（参照《民法典》第六百八十条及司法解释关于民间借贷利率上限的规定，虽工程款非民间借贷，但司法实践中常以此为上限参照）。
     
   • 无约定时：按照同期同类贷款利率或同期一年期LPR计息（司法解释第二十六条）。
     示例：若合同约定利息为年利率10%，但合同成立时LPR四倍为15.4%，则10%有效；若约定利率为20%，则超出部分无效，按LPR四倍计算。

3. 特殊情形：质量争议不影响利息计算
   发包人擅自使用后，再以工程质量不合格为由主张拒付工程款或索赔的，法院一般不予支持（司法解释第十四条）。但若工程存在地基基础或主体结构质量问题，发包人仍可主张权利，此时利息计算可能因工程款支付条件变化而调整（如部分款项暂停支付）。

实务建议：

• 承包人应固定“发包人擅自使用”的证据（如照片、视频、移交记录、监理日志等），以明确利息起算时间；
  
• 合同中建议明确约定利息计算标准（如“按LPR上浮50%”），避免争议；
  
• 若发包人拖延结算，承包人可及时提交结算文件并主张利息，防止损失扩大。
  

如有具体合同条款或使用时间节点需分析，可进一步提供信息，我将结合细节补充解答。