针对您提出的“未组织竣工验收擅自交付使用的行政处罚中，工程合同价款怎么确定”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
一、法律依据与处罚概述
首先，根据《建设工程质量管理条例》第五十八条的明确规定，建设单位若未组织竣工验收或验收不合格擅自交付使用，将面临责令改正，并处以工程合同价款百分之二至百分之四的罚款。这一规定为处罚提供了明确的法律依据。
二、工程合同价款的确定
在行政处罚中，工程合同价款是确定罚款数额的关键因素。它通常指的是建设单位与施工单位在签订的建设工程合同中约定的，完成整个工程所需支付的总金额。这个金额是双方协商一致的结果，并包含了工程的设计、施工、材料、设备等所有费用。
合同价款的明确性：在处罚过程中，相关部门会首先审查建设单位与施工单位签订的建设工程合同，以确定合同中明确约定的工程价款。这是计算罚款数额的基础。
合同价款的调整：如果在实际施工过程中，由于设计变更、材料价格波动等原因导致工程价款发生了变化，并且这种变化已经得到了双方的认可并签订了补充协议，那么在处罚时，应以调整后的合同价款为准。
无合同或合同不明确的情况：如果建设单位与施工单位未签订书面合同，或者合同中对工程价款的约定不明确，那么相关部门可能会根据工程的实际造价、市场行情等因素进行合理估算，以确定一个合理的工程合同价款作为处罚的依据。
三、处罚标准的细化
根据违法行为的严重程度和涉案工程面积，处罚标准会进一步细化：
四、实际案例与警示
在实际执法中，已有多起因未竣工验收擅自交付使用而受到行政处罚的案例。例如，某房地产开发有限公司因未组织竣工验收擅自交付使用其开发的某项目，被处以罚款，罚款数额就是根据工程合同价款的一定比例来确定的。这些案例警示我们，必须严格遵守相关法律法规，确保建设工程经过竣工验收合格后再投入使用。
五、整改要求与后续措施
如果建设单位未组织竣工验收擅自交付使用，相关部门在处罚的同时，还会责令建设单位停止使用该工程，并组织相关单位进行竣工验收。验收合格后方可继续使用；若验收不合格，施工单位要按照整改意见进行整改，直至通过验收。
综上所述，工程合同价款在行政处罚中是确定罚款数额的关键因素，它通常根据建设单位与施工单位签订的建设工程合同来确定。在处罚过程中，相关部门会严格审查合同价款，并根据违法行为的严重程度和涉案工程面积来细化处罚标准。因此，建设单位应严格遵守相关法律法规，确保工程质量和安全，避免不必要的法律风险。