针对您提出的“未办理施工许可证擅自施工，处罚按合同价款处罚，合同价款如何认定”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
一、未办理施工许可证擅自施工的处罚概述
根据《中华人民共和国建筑法》第六十四条以及《建筑工程施工许可管理办法》的相关规定，未取得施工许可证或开工报告未经批准擅自施工的，将面临责令改正、责令停止施工以及可能处以罚款的处罚。其中，对于建设单位，罚款的数额通常与工程合同价款挂钩。
二、合同价款的认定
合同价款的基本定义：
- 合同价款，通常指的是建设单位与施工单位在施工合同中约定的，用于完成整个工程项目所需支付的总金额。这个金额是双方基于工程规模、施工难度、材料价格、人工费用等多种因素协商确定的。
合同价款的认定依据：
- 在认定合同价款时，主要依据的是建设单位与施工单位签订的施工合同。这份合同是双方权利义务的法律依据，其中明确规定了工程价款、支付方式、支付时间等关键条款。
- 如果施工合同中存在不明确或争议的地方，相关部门可能会要求双方提供进一步的证据，如工程预算书、投标文件、中标通知书等，以辅助认定合同价款。
特殊情况下的合同价款认定：
- 如果工程项目被分解成若干个小项目分别施工，以逃避办理施工许可证的程序，那么在认定合同价款时，可能会将所有小项目的合同价款合并计算，作为处罚的依据。
- 如果建设单位与施工单位之间存在关联交易、低价中标等不正当行为，导致合同价款明显低于市场合理水平，相关部门在认定时可能会进行适当调整，以确保处罚的公正性和合理性。
三、处罚的具体措施
对建设单位的处罚：
- 根据《建筑工程施工许可管理办法》第十二条，对于未取得施工许可证擅自施工的建设单位，将处以工程合同价款1%以上2%以下的罚款。
- 如果建设单位有违法所得，罚款金额可能更高，甚至达到违法所得的五倍。
对施工单位的处罚：
- 对施工单位则通常处以3万元以下的罚款，具体数额根据情节轻重而定。
四、建议与总结
- 建议：为避免不必要的法律风险和经济损失，建议所有建设单位和施工单位在建筑施工前务必确保已经取得了合法的施工许可证，并严格按照施工合同约定的价款和支付方式进行操作。
- 总结：未办理施工许可证擅自施工是严重的违法行为，不仅将面临严厉的法律处罚，还可能对单位的信用记录和业务发展造成长远影响。因此，各建设单位和施工单位应高度重视施工许可证的申请与办理工作，确保工程项目的合法合规进行。同时，在认定合同价款时，应依据施工合同及相关证据进行，确保处罚的公正性和合理性。