针对你提出的问题“未办理建设工程施工许可只动工了部分按总合同价处罚合理吗”，我首先给出明确的结论：是否合理取决于具体的法律法规以及合同条款，不能一概而论。下面我将从法律角度和合同角度进行详细分析：
法律角度：
- 根据《中华人民共和国建筑法》以及相关法律法规，建设工程施工前必须办理施工许可证。未取得施工许可证擅自施工的，相关部门有权责令停止施工，并可能处以罚款。
- 处罚的具体金额或比例，通常由法律法规或地方性规章明确规定。如果法律法规中明确规定了按总合同价的一定比例进行处罚，那么这种处罚就是合法的。
- 但如果法律法规没有明确规定按总合同价处罚，或者规定的处罚方式与实际情况不符，那么按总合同价处罚可能就不合理。
合同角度：
- 合同中可能包含关于未办理施工许可证擅自施工的违约责任条款。如果合同中明确规定了按总合同价进行处罚，那么这种处罚就是基于合同约定的，是合理的。
- 但如果合同中没有相关规定，或者规定的处罚方式与实际情况不符，那么按总合同价处罚可能就不合理。
- 此外，即使合同中有相关规定，如果处罚金额过高，超出了实际损失或合理预期，也可能被视为不合理，并可能受到法律的限制或调整。
综上所述，未办理建设工程施工许可只动工了部分按总合同价处罚是否合理，需要综合考虑法律法规和合同条款的具体内容。如果法律法规或合同中有明确规定，且处罚金额合理，那么这种处罚就是合理的。但如果法律法规或合同中没有明确规定，或者处罚金额不合理，那么这种处罚可能就不合理。如果你面临这样的情况，建议咨询当地建设行政主管部门或专业律师，以获取更具体的法律建议和帮助。