结论前置：被告擅自将租金扣为违约金是否合法，需根据具体情况判断，主要看租赁合同中是否有相关约定以及该约定是否合法有效。

一、合同有明确约定且合法有效的情况

如果租赁合同中明确约定了被告（出租方）在特定情况下有权将租金扣为违约金，并且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，也不违背公序良俗，那么被告的行为可能是合法的。

法律依据：

• 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。

举例说明：

• 假设租赁合同中约定，如果承租方（原告）逾期支付租金超过一定期限，出租方（被告）有权将逾期部分的租金扣为违约金。在这种情况下，如果承租方确实逾期支付了租金，并且逾期时间超过了合同约定的期限，那么被告按照合同约定将租金扣为违约金的行为就是合法的。

二、合同无明确约定或约定无效的情况

如果租赁合同中没有明确约定被告有权将租金扣为违约金，或者该约定因违反法律、行政法规的强制性规定或公序良俗而无效，那么被告擅自将租金扣为违约金的行为就是不合法的。

法律依据：

• 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，违反法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为无效，违背公序良俗的民事法律行为也无效。
• 同时，如果合同中没有约定违约金或者违约金的数额或计算方法不明确，那么违约方应当承担因违约给对方造成的损失赔偿责任，而不是直接将租金扣为违约金。

举例说明：

• 假设租赁合同中没有约定被告有权将租金扣为违约金，或者约定了但该约定因违反法律而无效。在这种情况下，如果被告擅自将租金扣为违约金，承租方有权要求被告返还被扣的租金，并可能要求被告承担因违约给承租方造成的其他损失。

三、特殊情况下的考虑

除了上述两种情况外，还有一些特殊情况需要考虑。例如，如果被告在扣取租金作为违约金前已经通知了承租方，并且承租方没有提出异议；或者如果扣取的租金金额合理，没有超过合同约定的违约金上限或实际损失的合理范围等。这些情况可能会对被告行为的合法性产生影响。

建议：

• 在处理此类纠纷时，建议双方首先查阅租赁合同中的相关条款，了解是否有关于违约金的具体约定。
• 如果合同中有约定，但双方对约定的理解存在争议，或者认为约定可能无效，建议咨询专业律师进行法律分析和判断。
• 如果合同中没有约定或约定不明确，双方可以协商解决纠纷；如果协商不成，可以通过诉讼或仲裁等法律途径解决。

最后，租赁合同纠纷的处理需要综合考虑合同约定、法律规定以及实际情况等多个因素。如果你面临此类纠纷或有任何疑问，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。