结论前置：用人单位与职工达成赔偿协议后，若赔偿过低，劳动者在特定情况下仍然可以申请工伤仲裁。

1. 协议合法有效且已履行完毕的情况

• 法律效果：如果工伤赔偿协议是在双方自愿、平等、协商一致的基础上达成的，内容不违反法律法规的强制性规定，且双方已经按照协议约定履行了各自义务，那么该协议具有法律约束力。在这种情况下，劳动者通常不能再就同一工伤赔偿事项申请仲裁或提起诉讼。
• 实例说明：例如，职工小张与单位达成工伤赔偿协议，单位一次性支付了8万元赔偿金，小张放弃其他索赔权利。协议签订并履行完毕后，小张一般不能再申请仲裁要求额外赔偿。

2. 协议存在法定无效或可撤销情形的情况

• 申请仲裁的条件：
  • 显失公平：如果协议内容明显对劳动者不利，如赔偿金额远低于法定标准，导致双方权利义务不对等，劳动者可以主张协议显失公平，并请求撤销该协议。例如，劳动者因工伤导致伤残，但协议中约定的赔偿金额远低于按照《工伤保险条例》计算出的应得金额，这种情况下，劳动者有权申请劳动仲裁或提起诉讼，要求撤销协议并按照法定标准获得赔偿。
  • 欺诈、胁迫或乘人之危：如果用人单位在与劳动者签订赔偿协议时存在欺诈、胁迫或乘人之危的行为，如隐瞒工伤事实、威胁劳动者不签协议就不支付工资等，劳动者也可以主张协议无效。在这种情况下，劳动者同样可以申请劳动仲裁或提起诉讼，要求确认协议无效，并重新确定赔偿数额。
  • 违反法律法规的强制性规定：如果赔偿协议的内容违反了法律法规的强制性规定，如以合法形式掩盖非法目的、损害社会公共利益等，该协议也将被认定为无效。劳动者可以依据相关法律法规的规定，申请劳动仲裁或提起诉讼，要求确认协议无效并获得相应的赔偿。
• 法律依据：根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的相关规定，因工伤医疗费、经济补偿或赔偿金等发生的争议属于仲裁受理范围。

3. 申请劳动仲裁的注意事项

• 时效问题：劳动者在申请劳动仲裁时，需要注意仲裁时效的问题。一般来说，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。因此，劳动者应在规定的时效期间内及时申请仲裁，以免错过维权时机。
• 证据准备：在申请劳动仲裁时，劳动者需要准备充分的证据来支持自己的主张。这些证据可以包括工伤认定决定书、劳动能力鉴定结论书、工伤赔偿协议、工资单、医疗记录等。证据的充分性和合法性将直接影响仲裁结果。

4. 协议签订后发生新情况

• 用人单位未履行义务：即使在协议签订后，如果用人单位未按照协议约定履行义务，劳动者仍有权申请仲裁，要求用人单位履行协议或寻求其他法律救济。
• 注意事项：
  • 劳动者在申请仲裁前，应仔细评估协议内容，收集并保留相关证据以支持自己的主张。
  • 仲裁时效的计算通常从劳动者知道或应当知道其权利被侵害之日起算，具体时效期限可能因地区而异。
  • 申请仲裁时，劳动者需明确提出仲裁请求和理由，并按规定提交相关材料。

综上所述，用人单位与职工达成赔偿协议后，若赔偿过低，劳动者在特定情况下仍然可以申请工伤仲裁。关键在于协议是否存在法定无效或可撤销情形，以及协议履行过程中是否发生了新情况。劳动者在申请仲裁前应充分了解相关法律法规和程序要求，并做好充分准备。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。