结论：工程款没结清但签了结清证明后，是否还可以上诉，这取决于结清证明的效力以及是否存在可撤销或无效的情形。以下从不同角度进行分析：
一、结清证明的效力
结清证明，从法律性质上讲，是一种证明双方债权债务关系已经了结的书面文件。如果这份证明是双方真实意思的表示，且不存在欺诈、胁迫、重大误解等可撤销的情形，也不违反法律、行政法规的强制性规定或公序良俗，那么这份证明就是有效的，对双方都具有法律约束力。在这种情况下，如果已经签署了有效的结清证明，且没有证据表明该证明存在可撤销或无效的情形，那么一般不能再就工程款问题提起上诉。因为此时，双方的债权债务关系已经被视为已经了结，再提起上诉缺乏法律依据。
二、结清证明可撤销或无效的情形
然而，如果结清证明存在以下情形之一，那么它可能是可撤销或无效的：
欺诈、胁迫：如果一方在签署结清证明时，存在欺诈、胁迫等行为，导致另一方在违背真实意思的情况下签署了证明，那么受欺诈、胁迫的一方有权请求人民法院或者仲裁机构撤销该证明。
重大误解：如果一方对结清证明的内容存在重大误解，且这种误解是基于对方的行为或表述而产生的，那么该方也有权请求撤销证明。
违反法律、行政法规的强制性规定或公序良俗：如果结清证明的内容违反了法律、行政法规的强制性规定，或者违背了公序良俗，那么该证明是无效的。
在存在上述可撤销或无效情形的情况下，即使已经签署了结清证明，也可以依法提起诉讼或申请仲裁，要求确认证明无效或撤销证明，并就工程款问题重新进行主张。
三、实际操作建议
收集证据：如果认为结清证明存在可撤销或无效的情形，那么首先需要收集相关证据，如欺诈、胁迫的证据、重大误解的证据、违反法律或公序良俗的证据等。
咨询专业律师：在收集到证据后，建议咨询专业律师，对证据的充分性和证明力进行评估，并制定合适的诉讼或仲裁策略。
提起诉讼或申请仲裁：在律师的指导下，可以依法向人民法院提起诉讼或向仲裁机构申请仲裁，要求确认结清证明无效或撤销证明，并就工程款问题重新进行主张。
作为李宁律师，我擅长处理公司事务、婚姻家庭、合同纠纷等领域的法律问题。如果您在工程款纠纷方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。