结论：在工程款未结清的情况下，甲方要求乙方出具结清证明才付款，乙方一般不应轻易出具结清证明，但具体是否出具需结合实际情况判断。以下从不同角度进行分析：
一、出具结清证明的法律后果
法律效力的角度：
- 结清证明通常被视为双方对债权债务关系已经了结的确认。一旦乙方出具了结清证明，从法律上讲，就意味着乙方承认甲方已经支付了全部工程款，双方之间的债权债务关系已经消灭。
- 如果实际上甲方并未支付全部工程款，乙方在出具结清证明后，再想通过法律途径追讨剩余工程款，将面临极大的困难。因为甲方可以凭借结清证明进行抗辩，主张双方已经结清款项。
证据保留的角度：
- 在工程款纠纷中，证据的保留至关重要。如果乙方出具了结清证明，但并未保留好甲方未支付全部工程款的证据（如合同、发票、付款记录等），那么在后续的法律纠纷中，乙方将处于非常不利的地位。
二、应对策略与建议
拒绝出具结清证明：
- 在甲方未支付全部工程款的情况下，乙方有权拒绝出具结清证明。乙方可以明确告知甲方，只有在甲方支付全部工程款后，才会出具结清证明。
协商解决方案：
- 乙方可以与甲方进行协商，寻求一个双方都能接受的解决方案。例如，甲方可以先支付一部分工程款，乙方出具相应的收款证明，待甲方支付全部工程款后，乙方再出具结清证明。
- 或者，双方可以签订一份补充协议，明确甲方支付剩余工程款的时间和方式，以及乙方在收到全部工程款后出具结清证明的义务。
法律途径：
- 如果协商无果，乙方可以考虑通过法律途径来维护自己的权益。乙方可以向法院提起诉讼，要求甲方支付剩余工程款，并承担违约责任。
- 在诉讼过程中，乙方需要提供充分的证据来证明甲方未支付全部工程款的事实，以及双方之间的债权债务关系。
三、特殊情况下的考虑
- 如果甲方确实存在资金困难，但承诺会尽快支付剩余工程款，并且乙方对甲方的信誉和支付能力有一定的了解，那么乙方可以考虑在甲方提供一定担保（如抵押、质押等）的情况下，先出具结清证明，但同时应保留好相关证据，并在补充协议中明确甲方的支付义务和违约责任。
- 如果双方之间的工程款纠纷已经通过仲裁或诉讼等方式得到了解决，并且法院或仲裁机构已经作出了明确的裁决或判决，要求甲方支付剩余工程款，那么在这种情况下，乙方可以在甲方履行完裁决或判决义务后，出具结清证明。
最后建议：在处理此类问题时，乙方应谨慎行事，不要轻易出具结清证明。如果确实需要出具，应确保甲方已经支付了全部工程款，并保留好相关证据。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。