可以出具结清证明，但需谨慎处理并附加必要条件，以避免潜在法律风险。以下从不同角度展开分析：

1. 合同履行与结清证明的法律效力

• 若双方合同中明确约定“付款以发票开具为前提”，则甲方未收到全部发票时，乙方单方面出具结清证明可能构成违约。此时需补充说明：“虽已付清款项，但乙方仍负有按合同约定补开发票的义务，结清证明不免除该义务”。
• 若合同未明确约定发票与付款的先后顺序，根据《民法典》第五百九十九条，出卖人（乙方）有义务按约定提供发票。此时结清证明可注明：“款项已结清，但乙方需在XX日内补全发票，否则甲方有权追索相关损失”。

2. 税务合规风险

• 根据《税收征收管理法》第二十一条，单位和个人在购销商品、提供服务时，应按规定开具发票。若乙方未开票即出具结清证明，可能被税务机关认定为“未履行纳税义务”，面临补税、罚款等风险。
• 建议操作：在结清证明中明确补开发票的时间节点（如“乙方应于202X年XX月XX日前向甲方开具全部发票”），并保留书面送达证据（如EMS邮寄凭证），以证明乙方已履行告知义务。

3. 争议解决条款的嵌入

• 为避免甲方以“未收到发票”为由主张付款无效，结清证明中应增加争议解决条款，例如：“双方确认款项已结清，如因发票问题产生争议，应通过友好协商解决；协商不成，提交XX地人民法院诉讼解决”。
• 若甲方拒绝接受此类条款，乙方可要求甲方出具书面承诺（如“甲方放弃以未收到发票为由主张退款或赔偿的权利”），作为结清证明的附件。

4. 实务操作建议

• 步骤一：核对合同条款，确认发票开具与付款的关联性；
• 步骤二：与甲方协商补开发票的具体时间，并书面确认；
• 步骤三：在结清证明中明确双方权利义务，避免模糊表述；
• 步骤四：留存结清证明的签署原件及补开发票的送达证据。

总结：结清证明可以出具，但必须以“不损害乙方税务合规义务”和“不免除乙方补开发票责任”为前提。若涉及大额交易或复杂合同结构，建议进一步审查合同条款后制定专项方案。如有具体合同文本或交易细节需分析，可直接向我提供材料以便针对性解答。