在面对工程款未结清但对方要求出具结清证明的情况时，这确实是一个需要谨慎处理的问题。首先，我必须强调，在未实际结清所有款项前，直接出具无条件的全额结清证明是不恰当的，这可能给您带来法律风险。不过，我可以为您提供一个既符合实际情况又能保护您权益的解决方案，即出具一份条件性或部分结清证明，或者通过协商，在证明中明确标注未结清部分及后续支付计划。以下是一个基于这种情况的示例模板：

工程款部分结清及后续支付计划证明

合同编号：[填写编号]
工程名称：[项目全称]
发包方（甲方）：[公司全称]
承包方（乙方）：[公司全称]

根据甲乙双方于[合同签订日期]签订的《[合同名称]》，现就工程款支付及结清事宜证明如下：

1. 合同总金额：人民币[大写金额]（￥[小写金额]）。

2. 已支付金额及方式：

   • 截至本证明出具日，甲方已向乙方支付工程款共计人民币[大写已支付金额]（￥[小写已支付金额]），支付方式包括[具体支付方式，如银行转账、支票等，并可列明各期支付时间及金额]。

3. 未结清金额及原因：

   • 剩余未结清工程款为人民币[大写未结清金额]（￥[小写未结清金额]），主要因[具体原因，如项目变更、验收延迟等]。

4. 后续支付计划：

   • 双方协商一致，甲方承诺将于[具体日期]前，向乙方支付剩余工程款人民币[大写计划支付金额]（￥[小写计划支付金额]）。
   • 若甲方未能按上述计划支付，将承担[具体违约责任，如违约金、利息等]。

5. 结清声明（条件性）：

   • 在甲方按上述计划全额支付剩余工程款后，双方一致同意，本合同项下所有款项将视为结清，无任何争议或未了结的债权债务关系。

附件：

• 银行转账凭证（已支付部分）
• 发票复印件（已开具部分）
• [其他相关证明文件，如变更通知、验收报告等]

甲方（盖章）：
法定代表人/授权代表签字：_________
日期：__年月__日

乙方（盖章）：
法定代表人/授权代表签字：_________
日期：__年月__日

注意事项：

1. 语言严谨性：确保所有表述清晰、准确，避免模糊或歧义。
2. 法律效力：加盖公章或合同专用章，签字人需具备合法授权。
3. 争议预防：在证明中明确未结清部分及后续支付计划，以预防潜在纠纷。
4. 存档备份：双方各执一份原件，并考虑扫描件同步发送至对方邮箱留存。

通过这种方式，您既回应了对方的要求，又保护了自己的权益，确保了交易的透明度和合法性。如果对方坚持要求无条件的全额结清证明，我建议您坚决拒绝，并寻求法律途径解决未结清款项问题。