结论：老板发工资时备注为“工程款”是否合法，需根据具体情况判断，若该备注与实际工资性质不符，可能涉及违法；若仅为备注方式且不影响工资实际性质，则不一定违法。以下从不同角度进行分析：

一、工资与工程款的法律性质

1. 工资：根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，工资是劳动者因提供劳动而应得的报酬，是劳动者与用人单位之间劳动关系的直接体现。工资的支付应当遵循诚实信用原则，并符合劳动合同的约定。

2. 工程款：工程款通常指的是在工程建设过程中，发包方按照合同约定向承包方支付的款项，用于支付工程建设的各项费用。工程款与工资在性质上截然不同，前者是建设工程施工合同关系中的支付义务，后者是劳动合同关系中的支付义务。

二、备注为“工程款”的合法性分析

1. 若备注与实际不符：

   • 如果老板在发工资时故意将工资备注为“工程款”，以规避税收、社保等法律义务，或者试图混淆工资与工程款的性质，这种行为可能构成违法。因为这种行为可能违反了税收征收管理、社会保险费征缴等相关法律法规，损害了劳动者的合法权益，也可能扰乱了正常的经济秩序。

2. 若仅为备注方式：

   • 如果老板在发工资时只是将备注写为“工程款”，但实际上支付的是劳动者的工资，且这种备注方式并未影响工资的实际性质、金额和支付方式，也没有违反其他法律法规的规定，那么这种行为可能并不构成违法。然而，这种备注方式可能会引发不必要的误解和纠纷，因此建议老板在支付工资时使用更准确、清晰的备注方式。

三、法律建议

1. 对于劳动者：

   • 如果发现老板在发工资时备注为“工程款”，且怀疑这种行为可能涉及违法或损害自己的合法权益，可以及时向老板提出质疑，并要求老板提供合理的解释和证明。
   • 如果老板无法提供合理的解释和证明，或者劳动者认为自己的权益受到了侵害，可以向当地的劳动监察部门投诉或寻求法律援助。

2. 对于老板：

   • 在支付工资时，应当遵循诚实信用原则，使用准确、清晰的备注方式，避免使用可能引发误解或纠纷的备注。
   • 如果确实需要支付工程款或其他与工资无关的款项，应当与工资支付分开进行，并明确标注款项的性质和用途。

有问题可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供更详细的法律建议。