发工资时备注“劳务收入”是否合法，需根据用人单位与劳动者之间的实际关系来判断。以下是对此问题的详细分析：

一、存在劳动关系的情况

1. 定义与特征：若用人单位与劳动者签订了劳动合同，存在明确的雇佣与被雇佣关系，则双方构成劳动关系。
2. 工资备注要求：在劳动关系下，用人单位支付给劳动者的报酬应视为工资，而非劳务收入。工资是劳动者因提供劳动而获得的报酬，是劳动关系下的核心要素。因此，在发工资时备注“劳务收入”并不符合劳动关系的本质，可能引发税务和法律上的风险。
3. 税务处理：用人单位应按照规定进行全员全额扣缴申报个人所得税，将劳动者的工资收入纳入综合所得，并在发放工资时预扣预缴个人所得税。若错误地备注为“劳务收入”，可能导致税务处理上的混乱和不合规。

二、存在劳务关系的情况

1. 定义与特征：若劳动者未与用人单位签订劳动合同，只是偶尔或按需提供劳务服务，则双方属于劳务关系。
2. 劳务报酬备注：在劳务关系下，劳动者提供的服务属于劳务性质，用人单位支付的费用应视为劳务报酬。因此，在发工资（实际为支付劳务报酬）时备注“劳务收入”是合法的，且符合劳务关系的本质。
3. 税务与发票要求：根据《中华人民共和国发票管理办法》的相关规定，提供劳务的一方（即劳动者）在收到劳务报酬时，应向付款方（即用人单位）开具发票。同时，劳动者需就劳务报酬缴纳相应的税费，如增值税、城市维护建设税、教育费附加等（若达到起征点或符合纳税条件）。

三、特殊情况与注意事项

1. 混合关系：在实际操作中，可能存在劳动者既与用人单位存在劳动关系，又提供额外劳务服务的情况。此时，应分别计算工资和劳务报酬，并分别进行税务处理。
2. 合同约定：无论劳动关系还是劳务关系，双方都应通过合同明确约定报酬的性质、金额、支付方式等关键条款。这有助于避免在发工资时因备注不当而引发的纠纷。
3. 合规性审查：用人单位在发工资时，应确保备注的准确性和合规性。若不确定如何备注，可咨询专业律师或税务机关，以避免潜在的法律风险。

总结与建议：

• 若用人单位与劳动者存在劳动关系，发工资时应备注为“工资”或相关表述，以确保合规性。
• 若双方存在劳务关系，发工资（支付劳务报酬）时可备注为“劳务收入”，但需确保符合税务和发票管理的相关规定。
• 在任何情况下，用人单位都应确保工资支付的合规性，包括准确备注、及时扣缴个人所得税等。若对工资备注或税务处理存在疑问，可直接向我咨询，我将为你提供专业的法律建议。