结论：公司发工资备注为“福利”是否合法不能一概而论，需结合具体情况判断，以下分情况说明：

1. 若“福利”实为工资组成部分
   根据《关于工资总额组成的规定》第四条，工资包括计时工资、计件工资、奖金、津贴和补贴、加班加点工资及特殊情况下支付的工资。若公司实际发放的是上述法定工资项目（如绩效奖金、岗位津贴等），但备注为“福利”，可能涉及以下问题：

   • 税务风险：若“福利”未被纳入工资总额申报个税，可能涉嫌偷逃税款，违反《税收征收管理法》第六十三条，需补缴税款并承担滞纳金、罚款。
     
   • 劳动纠纷风险：若公司以“福利”名义少发或拒发工资，员工可依据《劳动合同法》第三十条，要求公司按实际工资标准补足差额，并可能主张经济补偿。
     
   • 合规建议：公司应如实备注工资项目，避免模糊表述。若确为福利（如节日礼金、非货币性福利），需单独列明并符合税法规定（如并入工资计税或按“偶然所得”代扣个税）。

2. 若“福利”属于法定福利范畴
   根据《劳动法》第七十六条，用人单位应创造条件改善集体福利，如提供食堂、班车、住房补贴等。此类福利若以货币形式发放（如住房补贴、交通补贴），需注意：

   • 是否计入工资总额：若福利属于工资性补贴（如交通补贴用于上下班通勤），应计入工资总额并申报个税；若为非工资性福利（如节日礼金），可单独发放并依法纳税。
     
   • 合规建议：公司应在规章制度中明确福利性质、发放标准及税务处理方式，避免与工资混淆。

3. 若“福利”实为避税手段
   部分公司可能通过将工资拆分为“基本工资+福利”的形式，降低个税基数。例如：

   • 违法性：根据《个人所得税法》及实施条例，工资薪金所得需按实际收入计税。若公司通过虚假备注少报收入，属于偷税行为，可能面临税务处罚。
     
   • 员工风险：员工若知情并配合，可能被认定为共同违法，需承担连带责任。
     
   • 合规建议：公司应依法申报个税，避免通过备注“福利”规避税收义务。

总结建议：

• 对公司：应如实备注工资项目，区分工资与福利，依法纳税并留存凭证。
  
• 对员工：若发现公司以“福利”名义少发工资或偷税，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，同时可向税务机关举报。
  

如有进一步疑问（如具体案例分析、税务处理细节等），可直接向我咨询。