针对您提出的“基本工资和绩效分开发放，劳动赔偿的时候怎么计算”这一问题，以下是我为您提供的详细解答：
在涉及工资相关赔偿时，我们首先要明确的是，赔偿的计算是基于劳动者在劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资，这一平均工资是包含了基本工资、绩效工资等所有货币性收入的。
一、赔偿的基本原则
根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，经济补偿是按照劳动者在本单位工作的年限来计算的。具体来说，每满一年，用人单位需要支付一个月工资作为经济补偿；如果工作六个月以上但不满一年，也按一年计算，支付一个月工资；如果工作不满六个月，则支付半个月工资。
二、具体计算方法
确定总工资：首先，我们需要确定员工在劳动合同解除或终止前十二个月的总工资，这包括基本工资和绩效工资等所有收入。
计算平均工资：接着，我们将总工资除以12，得到员工在这十二个月的平均工资。
确定经济补偿金额：最后，根据员工的工作年限和上述原则，我们可以确定经济补偿的具体金额。例如，如果员工工作了3年，且平均工资为7000元，那么经济补偿就是3乘以7000元，即21000元。
三、特殊情况的考虑
高工资限制：如果员工的月工资高于用人单位所在地区上年度职工月平均工资的三倍，那么经济补偿的标准将按照职工月平均工资的三倍来支付，且支付年限最高不得超过十二年。
违法辞退的赔偿：如果用人单位违反《中华人民共和国劳动合同法》的规定解除或终止劳动合同，那么需要支付的经济补偿将是上述标准的二倍，即赔偿金。
四、举例说明
以员工小李为例，假设他在劳动合同解除前12个月的平均工资（含基本工资和绩效工资）为7000元，且在公司工作了3年。如果公司是无过错辞退他，那么根据法律规定，公司应支付的经济补偿就是3乘以7000元，等于21000元。如果公司是违法辞退他，那么赔偿金就是21000元乘以2，等于42000元。
综上所述，当工资结构包括基本工资和绩效工资时，我们在计算劳动赔偿时，需要综合考虑员工的总工资、平均工资、工作年限以及是否存在违法解除劳动合同的情况等多个因素，以确保计算的公正性和合理性。在具体操作时，我们应严格遵循相关法律法规，并按照规定的程序和标准进行计算。