结论：劳动关系在子公司而实际工作安排在总公司相关部门，这种安排本身并不直接违法，但需满足一定条件并遵循相关法律规定，否则可能引发劳动纠纷。以下从多个角度进行分析：

一、法律关系的认定

1. 劳动合同签订主体：根据《劳动合同法》的规定，劳动合同是劳动者与用人单位之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。因此，若劳动合同是与子公司签订，则从法律形式上，劳动者与子公司建立了劳动关系。

2. 实际工作地点的灵活性：法律并未禁止劳动者在非劳动合同签订地工作。实际工作地点的安排更多取决于用人单位的经营需要和劳动者的同意。只要这种安排不违反法律法规的强制性规定，且劳动者同意，就是合法的。

二、可能存在的法律风险及合规要点

1. 工资支付与社保缴纳：

   • 工资支付：子公司作为用人单位，应按照劳动合同的约定和国家规定，向劳动者支付工资。若实际工作在总公司，但工资仍由子公司支付，需确保工资支付的及时性和足额性，避免拖欠或克扣工资。
   • 社保缴纳：子公司应为劳动者缴纳社会保险费。若因实际工作在总公司而导致社保缴纳地与劳动合同签订地不一致，需确保社保缴纳的合规性，避免因此产生纠纷。

2. 劳动保护与劳动条件：

   • 子公司应提供符合国家规定的劳动保护和劳动条件，确保劳动者在实际工作中的安全与健康。若总公司的工作环境或劳动条件与子公司存在差异，需确保这种差异不会损害劳动者的权益。

3. 工作安排与劳动者同意：

   • 子公司将劳动者安排至总公司工作，应事先征得劳动者的同意。若劳动者不同意这种安排，子公司不得强制执行。否则，可能构成违法调岗或违法解除劳动合同。

4. 劳动合同的变更：

   • 若因实际工作需要，需对劳动合同中的工作地点、工作内容等条款进行变更，子公司应与劳动者协商一致，并签订书面变更协议。未经劳动者同意，子公司不得单方面变更劳动合同。

三、实际案例与司法实践

在司法实践中，对于劳动关系在子公司而实际工作在总公司的情况，法院通常会根据劳动合同的约定、实际工作情况、劳动者的同意等因素进行综合判断。若子公司能够证明这种安排是合理的、合法的，且未损害劳动者的权益，则法院通常会认定这种安排是有效的。

四、建议与措施

1. 完善劳动合同：在签订劳动合同时，应明确工作地点、工作内容等条款，并考虑可能因实际工作需要而进行的变更情况，约定相应的变更程序和条件。

2. 征得劳动者同意：在将劳动者安排至总公司工作前，应征得劳动者的明确同意，并保留相关证据（如书面同意书、电子邮件等）。

3. 确保合规性：确保工资支付、社保缴纳、劳动保护等方面的合规性，避免因此产生纠纷。

4. 及时沟通与协商：在实际工作过程中，若出现任何问题或争议，应及时与劳动者进行沟通与协商，寻求妥善解决方案。

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