公司刻制两个行政章属于违规行为，需根据具体情况采取相应措施，包括停止使用、销毁多余印章、内部调查、法律风险评估及必要时向相关部门报备。以下从不同角度详细分析：

1. 法律合规性角度
   根据《国务院关于国家行政机关和企业事业单位社会团体印章管理的规定》，公司行政章（公章）只能刻制一枚，且需在公安机关备案。若公司刻制两枚行政章，即使其中一枚未备案，也违反了印章管理规定，可能面临行政处罚（如罚款、没收印章）。若两枚印章均未备案，则属于双重违规，需立即停止使用并销毁多余印章。

2. 内部管理角度
   公司需立即启动内部调查，查明两枚印章的刻制原因、使用范围及责任人。若因管理疏漏导致重复刻制，需完善印章管理制度，明确印章刻制、保管、使用的审批流程，并指定专人负责印章管理。若存在内部人员违规操作（如私刻印章），需根据情节轻重追究相关人员责任（如警告、辞退甚至移送司法机关）。

3. 法律风险角度
   两枚行政章可能导致公司面临以下风险：

   • 合同效力风险：若两枚印章均被用于签订合同，可能引发合同主体争议（如对方主张公司存在“表见代理”），导致公司承担额外合同义务。
     
   • 刑事风险：若私刻印章被用于诈骗、伪造文件等违法行为，公司可能因“单位犯罪”被追究刑事责任（如伪造公司印章罪）。
     
   • 行政处罚风险：公安机关可能对公司处以罚款、没收印章，甚至吊销营业执照（若情节严重）。

4. 补救措施建议

   • 立即停止使用：封存所有行政章，仅保留一枚备案印章用于日常经营。
     
   • 销毁多余印章：通过公安机关指定的机构销毁未备案印章，并留存销毁证明。
     
   • 内部整改：修订印章管理制度，明确“一章一码”原则（即每枚印章对应唯一备案编号），并加强员工培训。
     
   • 法律风险评估：委托律师对两枚印章的使用记录进行梳理，评估潜在法律风险，并制定应对方案（如向合作方发送书面声明，明确仅备案印章具有法律效力）。
     
   • 报备公安机关：若两枚印章均未备案，需主动向公安机关说明情况，配合调查并接受处罚。

若公司已因两枚行政章产生纠纷（如合同纠纷、侵权纠纷），建议立即整理相关证据（如印章使用记录、合同文本、内部审批文件等），并向我咨询具体应对策略。