针对您提出的“公司有二套公章怎么办”的问题，这确实是一个需要谨慎处理的情况。根据相关法律法规和印章管理规定，我来为您详细解答。
首先，需要明确的是，公司正常情况下不应拥有两套完全相同的公章。公章是公司的重要法律文件签署工具，具有极高的法律效力，其制作、使用和管理都应严格遵守相关法律法规。
如果公司确实存在两套公章的情况，建议采取以下措施：
立即核查原因：
- 迅速查明两套公章的来源、制作时间和使用情况。
- 确认是否存在内部管理漏洞或外部伪造行为。
评估法律风险：
- 两套公章的存在可能导致公司文件签署混乱，增加法律风险。
- 伪造公章或未经授权制作公章可能涉及违法行为，需及时评估并处理。
采取纠正措施：
- 销毁或封存一套：根据核查结果，如果确认其中一套公章为非法或未经授权制作，应立即销毁或封存，并确保不再使用。
- 完善管理制度：加强公章的制作、使用和管理流程，确保公章的唯一性和安全性。
- 内部通报与教育：对公司内部员工进行通报，强调公章管理的重要性，并开展相关法律培训。
法律合规处理：
- 如果两套公章的存在涉及违法行为，如伪造公章，应及时向公安机关报案，并配合调查。
- 咨询专业法律人士，确保公司行为符合法律法规要求，避免潜在的法律纠纷。
建立长效机制：
- 制定并执行严格的公章管理制度，包括公章的申请、审批、制作、使用、保管和销毁等环节。
- 定期对公章管理情况进行检查和审计，确保制度的有效执行。
法律依据与参考：
- 根据《国务院关于国家行政机关和企业事业单位、社会团体印章管理的规定》，企业事业单位的印章应由公安部会同有关部门另行制定制发办法，并强调印章的唯一性和法律效力。
- 伪造公司印章可能涉及《中华人民共和国刑法》中的伪造公司印章罪，需承担相应的法律责任。
总结与建议：
公司存在两套公章的情况必须引起高度重视，并立即采取措施进行纠正。通过核查原因、评估法律风险、采取纠正措施、法律合规处理以及建立长效机制，确保公司公章管理的合法性和安全性。同时，建议公司加强内部管理，提高员工法律意识，避免类似情况的再次发生。如有必要，可咨询专业法律人士以获取更具体的法律建议。