公司存在两套公章的情况下，责任认定需根据公章的使用情况、公司管理规定及相关法律规定综合判断。以下从不同角度为您详细分析：

1. 公章的法律效力与责任归属

   • 公章的法律意义：公章是公司对外表示意思的主要工具，具有法律效力。在正常情况下，公司应只有一套经过合法备案的公章，用于所有正式文件和交易。
   • 两套公章的效力问题：若公司存在两套公章，且均未经合法备案或均未得到公司明确授权使用，则这两套公章在法律上可能均被视为无效或存在瑕疵。在此情况下，使用任何一套公章签订的合同或文件，都可能因公章效力问题而引发争议。
   • 责任归属：若因使用未经合法备案或未授权使用的公章导致公司损失，相关责任人员（如私自刻制公章者、违规使用公章者）可能需承担法律责任，包括但不限于民事赔偿、行政处罚甚至刑事责任。

2. 公司内部管理规定与责任

   • 公司章程与管理制度：公司章程或内部管理制度中通常会对公章的使用、保管和备案等作出明确规定。若公司存在两套公章，且违反了公司章程或管理制度的规定，则相关责任人员可能需根据公司内部规定承担责任。
   • 责任追究机制：公司应建立完善的责任追究机制，对于违规使用公章的行为进行及时查处和纠正。若公司未能有效执行责任追究机制，导致损失扩大或无法挽回，公司管理层可能需承担相应的管理责任。

3. 外部交易与第三方责任

   • 交易相对方的审查义务：在与公司进行交易时，交易相对方有义务审查公司公章的合法性和有效性。若交易相对方未尽审查义务，导致与使用无效公章的公司签订合同或进行交易，可能需承担一定的法律风险。
   • 表见代理的认定：若公司员工使用未经合法备案或未授权使用的公章与第三方进行交易，且第三方有理由相信该员工有权代表公司进行交易（如表见代理情形），则公司可能需对该交易承担法律责任。但在此情况下，公司仍可向相关责任人员追偿。

4. 法律建议与风险防范

   • 立即停止使用非法公章：公司应立即停止使用未经合法备案或未授权使用的公章，并销毁或封存这些公章，以避免进一步的风险和损失。
   • 完善公章管理制度：公司应建立完善的公章管理制度，明确公章的刻制、备案、使用、保管和销毁等流程，确保公章的合法性和有效性。
   • 加强员工培训与监督：公司应加强对员工的培训与监督，提高员工对公章管理的认识和重视程度，防止违规使用公章的行为发生。
   • 及时咨询专业律师：若公司存在两套公章的问题或面临相关法律纠纷，应及时咨询专业律师，以便得到专业的法律建议和帮助。

总结来说，公司存在两套公章的情况下，责任认定需综合考虑公章的法律效力、公司内部管理规定、外部交易与第三方责任等多个因素。为避免潜在的法律风险和损失，公司应立即采取措施停止使用非法公章，并完善公章管理制度和加强员工培训与监督。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。