公司发现存在两个公章的情况，需要立即采取措施查明原因、明确责任，并根据实际情况采取相应的法律措施。以下是对此问题的详细分析：

一. 立即查明原因与责任

1. 内部调查：公司应首先进行内部调查，查明两个公章的来源、使用情况及责任人。这包括但不限于审查公司公章管理制度、公章使用记录等，以确定是否存在公章管理不善、违规使用或盗用等情况。

2. 法律责任：根据调查结果，公司应明确相关责任人的法律责任。若存在公章被盗用或滥用的情况，公司可依据相关法律法规追究责任人的法律责任，如民事赔偿责任、行政责任甚至刑事责任。

二. 采取措施防止类似情况再次发生

1. 完善公章管理制度：公司应完善公章管理制度，明确公章的保管、使用、审批等流程，确保公章的安全、合规使用。

2. 加强公章监管：公司应加强对公章的监管力度，定期检查公章使用情况，及时发现并纠正违规行为。

3. 培训与教育：公司应对相关员工进行公章管理、使用等方面的培训与教育，提高员工的法律意识和合规意识。

三. 根据实际情况采取法律措施

1. 若涉及外部纠纷：若两个公章的使用已涉及外部纠纷，如合同争议、债务纠纷等，公司应尽快与相关方进行沟通协商，明确公章的效力及合同、债务等法律关系的真实性、合法性。必要时，可寻求法律途径解决纠纷。

2. 若涉及内部责任追究：若内部调查发现存在公章管理不善、违规使用或盗用等情况，公司应依据相关法律法规及公司内部规定，对责任人进行相应处理。情节严重的，可依法追究其法律责任。

我建议：公司在处理此类情况时，应保持冷静、客观，依法依规进行处理。同时，也应加强公章管理，完善相关制度，确保公司的合法权益不受侵害。如有进一步需要，您可以继续咨询我。