发现公司存在两套公章的情况，需立即采取法律措施进行风险管控，否则可能面临合同效力争议、行政处罚甚至刑事责任风险。以下是具体分析及处理建议：

一、法律风险核心分析

1. 合同效力风险
   根据《民法典》第490条，公章是公司意思表示的外化象征。若两套公章均被使用，相对方可能主张合同有效（尤其善意第三人），而公司内部可能主张盖章人无权代理，导致合同效力争议。

2. 刑事犯罪风险
   若私刻公章用于诈骗、合同诈骗等行为，可能触犯《刑法》第280条”伪造公司印章罪”（处3年以下有期徒刑），或第224条”合同诈骗罪”（最高处无期徒刑）。

3. 行政处罚风险
   根据《国务院关于国家行政机关和企业事业单位社会团体印章管理的规定》，私刻公章由公安机关处以警告、罚款或没收，情节严重者拘留。

二、紧急处理步骤

1. 立即封存所有公章

   • 召开股东会/董事会形成决议，明确唯一合法公章（建议以备案公章为准）
     
   • 对非备案公章进行物理封存（如加锁保管），并制作《公章封存清单》由全体股东签字

2. 内部调查与追责

   • 委托律师或审计机构调查公章使用记录（如用印登记簿、合同档案）
     
   • 重点核查：是否存在未经授权的用印行为、公章保管人是否失职、是否涉及利益输送

3. 公告声明作废

   • 在省级以上报纸刊登《公章作废声明》（需载明公章编号、作废日期）
     
   • 同时向公安机关备案（携带营业执照副本、法定代表人身份证、作废声明原件）

4. 法律文书补救

   • 对已签署但存在争议的合同，立即发出《合同效力异议函》
     
   • 对可能涉刑的行为，向公安机关报案并提交《刑事控告书》

三、长期防范机制

1. 公章管理制度化

   • 制定《公章使用管理办法》，明确：
     
     • 用印需经法定代表人/授权人签字
       
     • 建立电子化用印登记系统
       
     • 实行”双人保管、相互监督”机制

2. 技术防控升级

   • 改用智能公章（带指纹识别、用印记录云端存储功能）
     
   • 在重要合同中增加”公章验证条款”（如要求对方通过指定平台核验公章真伪）

3. 员工合规培训

   • 每年组织《印章管理法律风险》专题培训
     
   • 重点培训：公章与合同效力关系、私刻公章的法律后果、用印审批流程

特别提醒：若发现公章被用于非法活动（如虚构债务、担保），需在48小时内启动刑事报案程序，同时向市场监管部门申请变更法定代表人（若涉及身份盗用）。建议立即整理现有证据（如公章样本、用印记录、合同文本），可向我提供具体细节以便制定针对性方案。