针对您提出的“一个单位刻两枚公章都备案了怎么办”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
首先，需要明确的是，一个单位刻制多枚公章并都进行备案，在法律上并没有明确的禁止性规定。但通常，一个单位会根据其业务需求和管理需要，刻制并使用不同用途的公章，如财务章、合同章、法人章等，且每枚公章都应有其特定的使用范围和权限。
如果单位确实需要保留并使用这两枚已备案的公章：
确保公章使用合规：单位应建立健全公章管理制度，明确每枚公章的使用范围、审批流程和使用权限，确保公章的使用符合法律法规和单位内部规定。
加强公章保管：对于已备案的公章，单位应指定专人负责保管，并采取必要的安全措施，如设置保险柜、安装监控等，防止公章被盗用或滥用。
如果单位认为其中一枚公章已不再需要或存在管理上的不便：
办理公章注销备案：单位可以向原备案的公安机关提出注销其中一枚公章的备案申请。申请时，通常需要提供单位的相关证明文件、公章注销申请书以及需要注销的公章样本等。
销毁或封存公章：在获得公安机关的注销备案批准后，单位应按照相关规定对需要注销的公章进行销毁或封存处理，以确保其不再被使用。
另外，关于公章备案的查询和重刻：
如果您需要查询公章是否已备案，可以根据公章刻制的时间，通过“广东治安户政”等官方渠道或到用章单位所在地县级公安机关治安部门窗口进行查询。
如果公章需要重刻，单位可以持原有印章（如果仍在）到属地公安机关核发特种行业许可证的公章刻制店办理重刻手续。在重刻时，需要提供单位的相关证明文件和公章重刻申请书等。但请注意，根据最新的规定，公章刻制业已取消特种行业许可，实行备案管理，因此具体流程可能因地区而异。
最后，建议单位：
在刻制和使用公章时，务必遵守相关法律法规和单位内部规定，确保公章的合法性和有效性。
定期对公章进行盘点和检查，及时发现并处理公章丢失、被盗用或滥用等问题。
加强员工对公章管理制度的培训和教育，提高员工对公章重要性的认识和管理能力。
希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。