结论前置：公司使用两套公章，在未经法定程序和相关部门许可的情况下，通常是违法的，并可能面临一系列法律后果。不过，也存在一些特殊且合法的情形，如特定业务专用章经合法备案。以下是对此问题的详细分析：
一、公章的法律地位与重要性
公章是公司对外行使权力、进行民事活动的重要代表标识，具有唯一性和法定性。它用于确认公司的文件、合同等法律文书的真实性和有效性，是公司意志和行为的法定凭证。因此，公章的管理和使用必须严格遵守法律法规和公司规定。
二、公司使用两套公章的违法性
违反公章管理规定：
- 根据《印章治安管理办法》等相关法规，公司应只有一个合法的公章，并需向公安机关备案。未经备案或擅自刻制多个公章均属违法行为。
- 若公司因业务需要刻制其他专用章（如财务章、合同章），这些印章也需依法备案，且用途明确区别于公章。若未经备案或用途混淆，同样可能构成违法。
可能引发法律风险：
- 使用未经备案的公章签署的合同可能被认定为无效，导致公司承担违约责任或面临诉讼风险。
- 不同公章被用于不同场合或目的，可能引发交易对手方对公司信用和履约能力的质疑，损害公司商誉。
内部管理混乱：
- 多个公章的存在易导致管理失控，可能出现公章被盗用、滥用等情况，给公司带来经济损失和法律纠纷。
三、特殊情况下的合法性
在特定情形下，公司可能存在多个“公章类”印章，但需满足以下条件：
法定备案要求：
- 所有印章均需依法备案，包括公章、财务章、合同章等。这是确保印章合法性的基础。
用途明确区分：
- 不同印章的使用范围需严格限定，例如财务章仅用于财务事务，合同章仅用于合同签订。这有助于避免印章滥用和混淆。
内部管理制度健全：
- 公司需建立完善的印章管理制度，确保印章使用的合规性和安全性。这包括印章的保管、使用、审批等环节。
四、法律后果与合规建议
法律后果：
- 若公司未经法定程序擅自刻制多个公章，可能面临行政处罚，如罚款、拘留等。
- 若因使用多刻的公章引发纠纷，公司还可能因此承担民事责任，甚至刑事责任。
合规建议：
- 公司应严格遵守相关法律法规，确保公章的合法性和唯一性。
- 如有业务需要刻制其他专用章，应依法备案并明确用途。
- 加强内部管理，建立完善的印章管理制度，确保印章使用的合规性和安全性。
总结来说，公司使用两套公章在未经法定程序和相关部门许可的情况下通常是违法的，并可能面临一系列法律后果。不过，在特定且合法的情形下，如特定业务专用章经合法备案，公司可以拥有多个印章。为确保合规性和避免法律风险，公司应严格遵守相关法律法规，加强内部管理，并咨询专业律师以获取更具体的法律建议。如有任何疑问或需求，请直接向我咨询。