一个公司未经法定程序擅自拥有两个具有同等效力的公章是违法的。以下是对此问题的详细分析：

1. 公章的法律地位与重要性：

   • 公章是公司对外行使权力、进行民事活动的重要代表标识，具有唯一性和法定性。其使用和管理受到我国法律的严格监管，以确保公司的合法权益和社会经济秩序的稳定。

2. 相关法律法规依据：

   • 根据《中华人民共和国治安管理处罚法》第五十二条的规定，伪造、变造或者买卖国家机关、人民团体、企业、事业单位或者其他组织的公文、证件、证明文件、印章的，将面临拘留和罚款等法律处罚。这表明，公司公章的制作和使用必须严格遵守法律规定。
   • 公司公章需根据公司法到公安局指定的定点刻字社制作，并经过备案程序，以确保每个公司的公章都是独一无二的，具有法律效力。

3. 擅自刻制两枚公章的后果：

   • 公司若未经法定程序和相关部门许可擅自多刻公章，将扰乱公司管理秩序和经济秩序，可能引发一系列法律问题和纠纷。
   • 使用未经备案的公章签署的合同或文件可能被视为无效，导致公司承担不必要的法律责任和经济损失。
   • 一旦因使用多刻的公章引发纠纷，公司还可能面临法律责任追究，包括但不限于行政处罚、民事赔偿甚至刑事责任。

4. 特殊情况下的专用章：

   • 在某些特殊情况下，如业务拓展、不同分支机构或特定业务场景需要，公司可以经过合法审批、备案等程序刻制特定用途的专用章。但这些专用章有严格的界定和区分，并不等同于拥有两个具有同等效力、随意使用的公章。
   • 专用章的使用范围和管理需严格遵守相关法律法规和公司规定，以确保其合法性和规范性。

综上所述，公司应严格遵守相关法律法规，确保公章的合法性和唯一性。如有任何关于公章的疑问或需求，公司应及时向我咨询，以确保操作合规，避免法律风险。