结论前置：法人（这里应指公司）拥有两个公章的合法性并非绝对，而是取决于这两个公章的具体使用情况及是否符合相关法律法规的规定。一般而言，公司应仅拥有一个经过合法备案的公章，但在特定情况下，如遵循严格程序和规定，公司可能拥有多个合法公章。
一、公章的唯一性与法律规定
根据《国务院关于国家行政机关和企业事业单位社会团体印章管理的规定》等相关法规，企业事业单位的印章具有唯一性和权威性，代表单位意志，且需到公安机关指定的刻章单位刻制，并在公安机关进行备案。公司公章作为对外进行意思表示的法定凭证，原则上只能有一个经过合法备案的公章，这是为了维护交易安全和市场秩序。
二、特殊情况下的多枚公章
新旧公章交替：当公司因名称变更、公章损坏或其他合理原因需要更换公章时，新旧公章可能会在一定时间内并存。但这种情况通常有明确的时间限制，并通过公告等方式告知相关方，以确保过渡期间的秩序和安全性。
不同用途的专用章：除了法定公章外，公司可根据业务需要刻制财务专用章、合同专用章等。这些专用章在特定范围内具有法律效力，但与法定公章在性质和用途上有明确区别。所有专用章都必须在公安局进行备案，并严格遵守相关法律法规和公司章程的规定使用。
三、未经合法备案的多枚公章的法律风险
若公司未经合法备案程序私自刻制并使用第二个公章，将属于违法行为。这种行为可能会面临公安机关的行政处罚，并在合同签订、文件签署等场景下引发合同效力的争议。给交易相对方带来困惑和风险，也容易引发纠纷。
四、法律建议与风险防范
严格管理公章：公司应建立健全印章管理制度，确保公章的唯一性和合法性，防止因管理不善导致的法律风险。
合规使用公章：在使用公章及专用章时，必须遵守相关法律法规和公司章程的规定，确保每次使用的合法性和有效性。
风险防范意识：在签订合同或其他法律文件时，应仔细核对对方单位的公章信息，确保其真实有效，以降低交易风险。
举例说明：假设某公司因业务扩展需要，在合法备案的情况下刻制了一枚合同专用章，用于专门签订合同。这枚合同专用章与公司的法定公章在性质和用途上有明确区别，且都经过了合法备案。在这种情况下，公司同时拥有两枚公章是合法的。但如果公司未经合法备案程序私自刻制了第二枚公章，并用于对外签订合同，那么这种行为就是违法的。
综上所述，公司拥有两个公章的合法性并非一概而论，而是取决于公章的具体使用情况及是否符合相关法律法规的规定。公司应谨慎管理公章，确保合法合规使用，以避免潜在的法律风险。如有任何疑问或担忧，可以直接向我咨询。