公司持有两个公章的行为，在大多数情况下是违法的，且可能引发一系列法律风险和后果。以下是对这一问题的详细分析：
一、公章的唯一性和法律效力
公章的唯一性：根据《中华人民共和国公司法》及相关规定，公司公章是公司对外进行法律行为、签订合同、出具文件等的重要凭证，具有极高的法律效力。公司公章应当具有唯一性，即一个公司只能有一个经过合法备案的公章。
公章的法律效力：公章的使用代表公司的意志，对外部第三方具有法律约束力。因此，公章的保管和使用必须严格遵循公司章程和内部管理制度，确保公章的安全和合法使用。
二、持有两个公章的法律风险
违反公司章程和内部管理制度：如果公司未经合法程序擅自刻制并使用第二个公章，这首先违反了公司章程和内部管理制度的规定。公司章程是公司的“宪法”，对公司的组织、运营和管理具有根本性的指导作用。违反公司章程的行为可能引发内部纠纷，甚至导致公司治理结构的混乱。
可能构成伪造公司印章罪：在极端情况下，如果公司未经授权擅自刻制并使用第二个公章，且该公章被用于非法活动（如诈骗、合同欺诈等），那么相关责任人可能构成伪造公司印章罪。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，伪造公司印章罪是指伪造公司、企业、事业单位、人民团体的印章的行为，处三年以下有期徒刑、拘役、管制或者剥夺政治权利，并处罚金。
引发合同纠纷和法律责任：如果公司使用两个公章签订合同或出具文件，可能导致合同效力争议和法律责任的不确定性。例如，当两个公章的使用产生冲突时，外部第三方可能难以判断哪个公章代表公司的真实意志，从而引发合同纠纷。此外，如果公司因使用两个公章而遭受损失，相关责任人可能需要承担赔偿责任。
三、合法使用公章的建议
严格遵守公司章程和内部管理制度：公司应制定完善的公章管理制度，明确公章的保管、使用、审批等流程，确保公章的安全和合法使用。
及时备案和公告：如果公司因特殊原因需要刻制新的公章（如原公章遗失、损坏等），应及时向公安机关备案，并在公司内部和外部进行公告，确保相关方知晓新公章的使用情况。
加强内部监督和管理：公司应加强对公章使用情况的内部监督和管理，定期对公章的使用情况进行审计和检查，防止公章被滥用或盗用。
综上所述，公司持有两个公章的行为在大多数情况下是违法的，且可能引发一系列法律风险和后果。因此，我建议公司严格遵守相关法律法规和公司章程的规定，确保公章的唯一性和合法使用。如果您在公司公章管理方面遇到任何问题或需要进一步的法律咨询，请随时向我咨询。