结论：员工一般不可以仅因单位微信转账未备注一次性补偿金且分两次转账就否认未收到款项，但具体能否否认成功需结合实际情况判断。以下从不同角度进行分析：

从转账记录的证明力角度

1. 转账记录本身具有证明力：微信转账记录属于电子数据，根据《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》，电子数据是指通过电子邮件、电子数据交换、网上聊天记录、博客、微博客、手机短信、电子签名、域名等形成或者存储在电子介质中的信息。存储在电子介质中的录音资料和影像资料，适用电子数据的规定。单位提供的微信转账记录，若能清晰显示转账时间、转账金额、转账双方信息等关键内容，在无相反证据推翻的情况下，可以作为证明单位已向员工支付款项的证据。
2. 未备注款项性质不影响转账事实：虽然转账未备注一次性补偿金，但这并不影响转账这一事实的存在。单位可以通过其他证据来证明该转账的款项性质，例如单位内部的财务记录、与员工沟通的聊天记录、邮件等，这些证据可以与转账记录相互印证，形成一个完整的证据链，证明单位确实向员工支付了一次性补偿金。

从员工否认未收到的可能情况角度

1. 员工有相反证据：如果员工能够提供证据证明自己确实未收到该转账款项，例如自己的微信账户在转账时间段内存在异常、被他人盗用等情况，或者能够证明单位提供的转账记录存在伪造、篡改等情形，那么员工有可能否认未收到款项。但员工需要承担举证责任，提供充分的证据来支持自己的主张。
2. 单位无法证明款项性质：如果单位除了微信转账记录外，无法提供其他证据证明该转账的款项性质为一次性补偿金，而员工又否认该款项的性质，那么在这种情况下，单位可能需要承担举证不能的不利后果。但员工仅以未备注款项性质为由否认收到款项，而无法提供其他相反证据的，其否认的主张可能难以得到支持。

从实际操作建议角度

1. 对于单位：为了避免类似的纠纷，单位在进行转账时，最好在转账备注中明确款项的性质和用途，例如注明“一次性补偿金”等字样。同时，单位还应妥善保存与转账相关的其他证据，如财务记录、沟通记录等，以便在发生纠纷时能够提供充分的证据来证明自己的主张。
2. 对于员工：如果员工对单位转账的款项性质存在疑问或否认收到款项，应及时与单位进行沟通协商，要求单位提供相关的证据来证明款项的性质和支付情况。如果协商无果，员工可以考虑通过法律途径来解决纠纷，但在诉讼过程中需要承担举证责任，提供充分的证据来支持自己的主张。

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