结论：劳动合同约定公积金包含在工资里，若要补缴公积金须返还公司缴纳部分金额，这种约定不合法。以下从不同角度进行分析：

1. 从公积金缴纳的强制性规定角度
   • 根据《住房公积金管理条例》规定，单位应当按时、足额缴存住房公积金，不得逾期缴存或者少缴。职工个人缴存的住房公积金和职工所在单位为职工缴存的住房公积金，属于职工个人所有。这表明公积金的缴纳是法定的强制性义务，单位和职工都必须按照规定缴纳，不能通过约定来规避这一义务。
   • 劳动合同中约定公积金包含在工资里，实际上是将单位应承担的公积金缴纳义务转嫁给了职工，这违反了上述法规的强制性规定，该约定无效。既然约定无效，那么基于此约定要求职工在补缴公积金时返还公司缴纳部分金额也就缺乏合法依据。
2. 从合同效力角度
   • 劳动合同虽然是一种特殊的合同，但也必须遵循《民法典》中关于合同效力的相关规定。根据《民法典》规定，违反法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为无效。由于上述关于公积金缴纳的约定违反了《住房公积金管理条例》的强制性规定，所以该约定属于无效条款。
   • 无效的合同条款自始没有法律约束力，公司不能依据无效的约定要求职工返还公司缴纳的公积金部分金额。
3. 从公平原则角度
   • 公平原则是民法的基本原则之一，要求民事主体在从事民事活动时，应当遵循公平原则，合理确定各方的权利和义务。如果允许劳动合同中存在这样的约定，那么对于职工来说显然是不公平的。职工在不知情或者被迫接受的情况下，承担了本应由单位承担的公积金缴纳义务，而在补缴时还要返还公司缴纳部分，这严重损害了职工的合法权益。
   • 从公平合理的角度出发，这种约定不应得到支持，公司要求职工返还公司缴纳部分金额的要求也不应被满足。

如果公司存在此类不合理要求，职工可以通过与公司协商解决；协商不成的，可以向当地住房公积金管理中心投诉，由住房公积金管理中心责令公司限期缴存；逾期仍不缴存的，可以申请人民法院强制执行。若你还有其他关于劳动法律方面的问题，可以直接向我咨询。