关于“在借调单位年度考核是否违规”的问题，这并非一个简单的“是”或“否”的答案，而是需要结合具体的借调情况、考核规定以及相关政策来综合判断。

首先，我们要明确的是，借调本身是一种临时性的工作安排，通常是为了满足上级部门或特定项目的阶段性、特殊性、重要性、紧急性工作需求。在借调期间，被借调人员的人事关系、工资福利等通常仍保留在原单位，但工作则主要在借调单位进行。

关于年度考核，这通常是对员工一年来工作表现、工作成果、工作态度等方面的综合评价。对于被借调人员来说，其年度考核的归属和方式可能会因借调的具体情况而有所不同。

1. 如果借调单位有明确的考核规定，并且这些规定与原单位的考核要求不冲突：那么被借调人员可能会在借调单位接受考核，或者同时接受原单位和借调单位的双重考核（但这种情况较为少见，且通常需要双方单位的协商和同意）。在这种情况下，只要考核过程公正、透明，且符合相关政策规定，那么这种考核方式并不违规。

2. 如果借调单位没有明确的考核规定，或者考核规定与原单位存在冲突：那么被借调人员的年度考核可能会面临一些困难。例如，原单位可能希望按照其自身的考核标准对被借调人员进行考核，而借调单位则可能希望按照其自身的标准进行考核。这种情况下，就需要双方单位进行协商，以达成一个公平、合理的考核方案。如果双方无法达成一致，或者考核过程存在不公正、不透明的情况，那么就可能引发违规问题。

3. 另外，还需要关注的是借调的合规性。如果借调行为本身就存在违规情况（如未经批准擅自借调、借调期限过长、借调人员比例超标等），那么即使考核过程本身没有问题，也可能因为借调行为的违规性而引发一系列后续问题，包括考核结果的无效性等。

建议：

• 对于被借调人员来说，在借调前应与原单位和借调单位明确考核的归属和方式，以避免后续出现纠纷。
• 借调单位应制定明确的考核规定，并确保考核过程公正、透明。
• 原单位和借调单位应加强沟通与协调，共同确保被借调人员的年度考核工作顺利进行。
• 如果发现借调或考核过程中存在违规情况，应及时向上级部门或纪检部门反映，以维护自身的合法权益。

综上所述，在借调单位进行年度考核是否违规，取决于借调的具体情况、考核规定以及相关政策。只要借调行为合规、考核过程公正透明，且符合相关政策规定，那么这种考核方式就是合法的。