结论：入职三级公司后，一般情况下不能直接仲裁一级公司，但存在特殊情况可能支持直接仲裁一级公司，具体需结合实际情况判断。以下从不同角度进行分析：
一般情况分析
在劳动法律关系中，劳动仲裁的被申请人通常是与劳动者建立劳动关系的用人单位。当您入职三级公司时，从常规的法律关系来看，您是与三级公司签订了劳动合同，建立了劳动关系。根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》等相关法律法规，劳动仲裁的管辖范围主要是基于劳动者与用人单位之间的劳动关系争议。因此，在一般情况下，您应当以三级公司作为劳动仲裁的被申请人，而不能直接仲裁一级公司。
特殊情况分析
尽管一般情况下不能直接仲裁一级公司，但也存在一些特殊情况，可能支持您直接仲裁一级公司：
关联企业混同用工：如果一级公司与三级公司存在关联关系，且在实际用工过程中存在混同用工的情况，例如，您的工作安排、工资发放、社保缴纳等均由一级公司负责或参与，那么在这种情况下，您可能可以主张一级公司与三级公司共同承担劳动责任，从而将一级公司也列为劳动仲裁的被申请人。但这种情况需要您提供充分的证据来证明一级公司实际参与了用工管理。
一级公司作为实际用人单位：如果一级公司虽然设立了三级公司，但实际上您是与一级公司建立了劳动关系，三级公司只是作为一级公司的分支机构或代表处进行运营，且您的劳动合同、工作安排等均由一级公司直接负责，那么在这种情况下，您可以直接以一级公司作为劳动仲裁的被申请人。但这种情况同样需要您提供充分的证据来证明您与一级公司之间的劳动关系。
法律建议
收集证据：如果您认为存在上述特殊情况，建议您首先收集相关证据，如劳动合同、工作安排记录、工资发放记录、社保缴纳记录等，以证明您与一级公司之间的劳动关系或一级公司实际参与用工管理的情况。
咨询专业律师：在准备提起劳动仲裁之前，建议您咨询专业律师，对您的证据和情况进行全面评估，以确定是否可以直接仲裁一级公司以及仲裁的策略和方案。
遵循法律程序：无论您选择仲裁三级公司还是一级公司，都需要遵循法律程序，按照规定的期限和要求提交仲裁申请和相关证据材料。
如果您有进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，请直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律帮助。