结论前置：公司因员工提前休年假而在离职时反扣薪资的做法，一般是不合法的。但具体是否合法，还需根据实际情况和具体条款来判断。以下从多个角度进行分析：
一、年假的法律性质与规定
年假是员工依法享受的休息休假权利，根据《职工带薪年休假条例》的规定，员工在连续工作满一定年限后，有权享受相应天数的带薪年休假。年假的安排通常应由员工和公司协商确定，公司应尽量满足员工的合理休假需求。
二、年假提前休与薪资扣除的合法性
年假提前休的合法性：
- 员工在符合公司规定和法律法规的前提下，有权提前申请休年假。公司应尊重员工的休假权利，并合理安排工作，确保员工能够享受年假。
薪资扣除的合法性：
- 一般情况：公司因员工提前休年假而扣除薪资的做法，通常是不合法的。年假是员工的法定权利，公司无权因员工行使这一权利而对其进行经济处罚。
- 特殊情况：如果员工在休年假期间存在违反公司规章制度或法律法规的行为，公司可能根据相关规定对员工进行纪律处分，但这与年假本身无关，且处分方式应符合法律法规和公司规章制度的规定，不能随意扣除薪资。
三、公司可能的主张与反驳
公司可能的主张：
- 公司可能认为员工提前休年假打乱了工作计划，给公司造成了损失，因此要求员工承担部分责任。然而，这种主张在法律上通常难以成立，因为年假是员工的法定权利，公司应提前做好工作安排，以应对员工休假带来的影响。
反驳与法律依据：
- 员工可以依据《职工带薪年休假条例》等相关法律法规，主张自己的年假权利不受侵犯。如果公司因员工休年假而扣除薪资，员工可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
四、实际操作建议
与公司协商：
- 如果员工发现公司因自己提前休年假而扣除薪资，首先可以尝试与公司进行协商，了解公司的具体规定和理由，并寻求合理的解决方案。
寻求法律援助：
- 如果协商无果，员工可以咨询专业律师（如我），了解自己的法律权益和维权途径。在必要时，可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求公司恢复被扣除的薪资，并可能获得相应的赔偿。
五、可能涉及的法律后果
- 如果公司因员工休年假而扣除薪资的行为被认定为违法，公司可能需要承担恢复薪资、支付赔偿金等法律责任。同时，公司的这种行为也可能影响其声誉和员工关系，对公司的长期发展产生不利影响。
总结：公司因员工提前休年假而在离职时反扣薪资的做法，一般是不合法的。员工应了解自己的年假权利和法律法规的规定，积极维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。