公司关闭分公司并将业务整合到总部，这一行为本身并不违法，但需遵循一定的法律程序和规定。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、公司关闭分公司的法律基础
公司作为独立的法人实体，有权根据其经营策略和市场需求，自主决定设立、变更或关闭其分支机构，包括分公司。这一行为属于公司自治的范畴，通常不受外部非法干预。然而，公司在行使这一权利时，必须遵守相关法律法规，确保程序的合法性和合规性。
二、关闭分公司需遵循的法律程序
内部决策程序：公司关闭分公司，首先需经过公司内部决策机构的审议和批准，如董事会或股东会。这一程序确保了公司决策的民主性和科学性，也保护了股东和其他利益相关者的权益。
清算程序：在关闭分公司前，公司需对分公司的资产、负债和人员等进行清算。清算的目的是确保分公司的财产得到妥善处理，债权债务得到清偿，员工得到合理安置。清算程序需遵循相关法律法规，如《公司法》中关于清算的规定。
注销登记：完成清算后，公司需向工商行政管理部门申请注销分公司的登记。注销登记是分公司法律地位终止的标志，也是公司合法关闭分公司的必要步骤。
三、关闭分公司并整合到总部的法律考量
合同履行：在关闭分公司并整合到总部的过程中，公司需确保与分公司相关的合同得到妥善履行。这包括与供应商、客户、员工等签订的合同。公司需评估合同履行情况，确保在整合过程中不损害合同相对方的权益。
员工安置：关闭分公司可能涉及员工的安置问题。公司需根据相关法律法规，如《劳动合同法》，制定合理的员工安置方案。这包括支付经济补偿、提供转岗机会等，以确保员工的合法权益得到保障。
税务处理：关闭分公司还涉及税务处理问题。公司需按照税法规定，对分公司的税务进行清算和申报。这包括缴纳应纳税款、办理税务注销等手续。
四、可能的法律后果
如果公司在关闭分公司并整合到总部的过程中，未遵循相关法律法规和程序，可能面临以下法律后果：
行政处罚：工商行政管理部门等监管机构可能对公司进行行政处罚，如罚款、吊销营业执照等。
民事赔偿：因公司未妥善处理合同履行、员工安置等问题，可能引发民事纠纷和诉讼。公司需承担相应的民事赔偿责任。
刑事责任：在极端情况下，如果公司的行为构成犯罪，如欺诈、挪用资金等，公司及其相关责任人员可能面临刑事责任。
总结与建议：公司关闭分公司并将业务整合到总部，这一行为本身并不违法，但需严格遵循相关法律法规和程序。在操作过程中，公司应确保内部决策程序的合法性、清算程序的合规性、注销登记的及时性，并妥善处理合同履行、员工安置和税务处理等问题。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。