公司以不关窗户为由罚款一般不合法，但具体需分情况讨论：

1. 从罚款主体合法性角度
   根据《行政处罚法》规定，只有行政机关（如市场监管局、税务局等）才有权对违法行为实施罚款，且需严格依照法定程序进行。公司作为用人单位，并非行政机关，无权自行设立罚款制度。即使公司规章制度中写明“不关窗户罚款”，该条款也因违反法律强制性规定而无效。

2. 从劳动合同与规章制度角度
   若公司以“不关窗户造成损失”为由要求员工赔偿，需满足两个条件：

• 损失实际发生：需证明因未关窗户导致公司财产受损（如雨水浸泡设备、物品丢失等），且损失金额与未关窗户行为存在直接因果关系；
  
• 员工存在故意或重大过失：若员工因疏忽未关窗，但公司未提前培训或明确告知关窗要求，则员工可能仅承担部分责任；若员工故意不关窗且造成损失，公司可要求赔偿，但需通过协商或诉讼解决，不得直接罚款。

1. 从劳动纪律管理角度
   公司可通过合法方式管理员工行为，例如：
   

• 口头/书面警告：对未关窗户等轻微违纪行为，公司可进行批评教育或书面警告；
  
• 绩效扣分：若公司绩效考核制度中明确将“遵守办公规范”纳入考核范围，且未关窗户属于考核扣分情形，公司可据此调整绩效分数，但扣分不得与罚款挂钩；
  
• 解除劳动合同：若员工多次违反公司规定且拒不改正，或因未关窗户导致严重损失，公司可依据《劳动合同法》第39条解除劳动合同，但需提前告知员工规章制度内容。

建议：若公司以罚款名义扣减工资，员工可要求公司出具书面罚款依据；若公司无法提供合法依据，员工可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，主张返还被扣款项。如有具体案例或细节需要进一步分析，可直接向我咨询。