结论：是否需要退还老板已支付的医疗费用，取决于工伤赔偿协议书的具体内容、签订时的实际情况以及后续赔偿金额不足的原因。以下从不同角度进行分析：
一、协议内容明确且已履行部分赔偿的情况
若协议中明确约定了赔偿总额及各项赔偿明细，包括医疗费用：
- 在这种情况下，如果公司已经按照协议支付了12万赔偿金，且这12万中已经包含了医疗费用，那么通常不需要退还老板已支付的医疗费用。因为协议是双方自愿签订的，具有法律约束力，双方应当按照协议履行。
- 如果后续发现12万赔偿金不足以覆盖实际损失，且协议中没有约定可以调整赔偿金额的条款，那么您可能需要通过其他途径（如与公司协商、申请劳动仲裁或提起诉讼）来寻求额外的赔偿。
若协议中未明确约定赔偿明细，但双方口头约定了医疗费用包含在内：
- 这种情况下，虽然协议文本可能没有直接体现医疗费用的支付，但如果双方有明确的口头约定，并且这一约定在签订协议时是双方真实意思的表示，那么也可以视为协议的一部分。
- 同样地，如果后续发现赔偿金额不足，且没有约定可以调整的条款，您可能需要通过其他途径来寻求额外赔偿。不过，口头约定的证明难度较大，需要您提供充分的证据来支持您的主张。
二、协议存在瑕疵或签订时存在误解的情况
若协议存在重大误解或显失公平：
- 根据《民法典》的相关规定，如果双方在签订协议时存在重大误解，或者协议内容显失公平（如赔偿金额明显低于实际损失），那么受损害方有权请求人民法院或者仲裁机构变更或者撤销该协议。
- 在这种情况下，如果您能够证明协议存在重大误解或显失公平，那么您可以向法院或仲裁机构申请变更或撤销协议，并要求公司按照实际损失进行赔偿。这可能包括退还部分已支付的赔偿金（如果已支付的金额超过了实际应支付的金额），或者要求公司支付额外的赔偿金。
若公司未按照协议履行赔偿义务：
- 如果公司虽然签订了赔偿协议，但并未按照协议约定支付全部赔偿金（例如只支付了部分医疗费用），那么您有权要求公司继续履行协议，支付剩余的赔偿金。
- 在这种情况下，您不需要退还已支付的医疗费用，反而可以要求公司支付剩余的赔偿金以及可能的违约金或利息等。
三、后续赔偿金额不足的原因及处理方式
若赔偿金额不足是由于实际损失增加导致的：
- 如果在签订协议后，您的实际损失（如医疗费用、误工费等）增加了，那么您可能需要与公司协商调整赔偿金额。
- 如果协商不成，您可以根据协议中的争议解决条款（如果有的话）向劳动仲裁机构申请仲裁或向法院提起诉讼。
若赔偿金额不足是由于协议签订时未充分考虑实际损失导致的：
- 如果在签订协议时，双方未能充分预见或评估实际损失，导致赔偿金额不足，那么这可能属于协议存在瑕疵的情况。
- 在这种情况下，您可以尝试与公司协商补充协议或调整赔偿金额。如果协商不成，同样可以寻求法律途径解决。
建议：
- 首先仔细审查工伤赔偿协议书的内容，特别是关于赔偿金额、赔偿明细以及争议解决方式的条款。
- 如果发现协议存在瑕疵或签订时存在误解，及时与公司沟通协商，尝试通过友好方式解决问题。
- 如果协商不成，或者公司拒绝履行协议义务，您可以考虑向劳动仲裁机构申请仲裁或向法院提起诉讼来维护自己的合法权益。
在处理此类问题时，请务必保留好相关证据（如协议文本、医疗费用发票、误工证明等），以便在需要时提供证明。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。