结论前置：加班工资的两倍计算通常不包含已发放的加班工资部分，而是基于劳动者正常工作时间应得的工资进行计算。

详细分析如下：

1. 立法目的与性质：

   • 双倍工资（或称为二倍工资）的设定，主要是为了惩罚用人单位未依法与劳动者签订书面劳动合同的行为，并促使用人单位及时与劳动者签订书面合同，以规范劳动用工关系，保障劳动者的合法权益。
   • 加班工资则是劳动者在正常工作时间之外提供额外劳动所获得的报酬，其性质与双倍工资截然不同。因此，在计算双倍工资时，不应将加班工资纳入其中。

2. 计算基数：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关司法解释，双倍工资的计算基数是劳动者正常工作时间的月工资，即劳动者在劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资中，属于基本工资、岗位工资等正常出勤月应得的固定部分。
   • 这一计算方式明确排除了加班工资、奖金、津贴、补贴等额外收入，因为这些收入并非劳动者正常工作时间内的固定报酬。

3. 司法实践：

   • 在司法实践中，各地法院在处理因未签订劳动合同而引发的双倍工资争议时，也普遍遵循将加班工资排除在外的原则。例如，最高人民法院民事审判第一庭在相关著作中明确指出，双倍工资差额的计算基数为正常工作时间工资。
   • 北京市高级人民法院、北京市劳动争议仲裁委员会等也在相关会议纪要中规定，计算未签订劳动合同双倍工资的基数应按照劳动者正常工作时间应得的工资计算，不包括加班工资等。

4. 具体操作建议：

   • 当劳动者因用人单位未与其签订书面劳动合同而主张双倍工资时，应注意计算基数应为正常工作时间内的工资，不包括加班工资等其他形式的收入。
   • 同时，劳动者应尽可能收集并提供能够证明其与用人单位存在劳动关系且用人单位未与其签订劳动合同的证据，如工作记录、考勤记录、银行流水等，以便在争议发生时能够有力地维护自己的权益。

举例说明： 假设某劳动者正常工作时间的月工资为5000元，每月加班工资为1000元。若用人单位未与其签订书面劳动合同，则该劳动者主张的双倍工资应为每月10000元（即正常工作时间月工资5000元的两倍），而不是（5000元+1000元）的两倍。

特殊情况说明： 尽管双倍工资的一般原则是不包括加班工资，但在极个别特殊情况下，如果地方性法规或司法解释有特别规定，或者双方在劳动合同中有特别约定，可能会存在例外。然而，这种情况非常罕见，且需要具体分析当地法律法规和司法实践情况。

总结与建议： 综上所述，加班工资的两倍计算通常不包含已发放的加班工资部分。劳动者在主张双倍工资时，应明确计算基数和范围，并收集相关证据以维护自己的权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。