关于乙方公司的出差补贴是否应由甲方承担的问题，这主要取决于双方签订的合同中的具体约定以及相关法律法规的规定，以下分情况讨论：
合同有明确约定的情况：
- 如果甲乙双方在合同中明确约定了出差补贴的承担方，那么应当遵循合同的约定。例如，合同中可能规定“乙方员工的出差补贴由甲方承担”或“乙方自行承担其员工的出差补贴”等。在这种情况下，双方应严格按照合同条款执行。
合同未明确约定的情况：
- 如果合同中没有明确约定出差补贴的承担方，那么这个问题就需要根据相关法律法规以及行业惯例来综合判断。
- 从法律法规的角度来看，出差补贴通常被视为员工因工作需要而产生的额外费用，原则上应由用人单位（即乙方公司）承担。然而，在实际操作中，如果甲方因业务需要要求乙方员工出差，并且双方对此有口头或书面的默契，那么甲方可能会自愿承担部分或全部出差补贴。
- 从行业惯例的角度来看，不同行业、不同地区对于出差补贴的承担方式可能存在差异。有些行业可能习惯由甲方承担，而有些行业则可能习惯由乙方自行承担。因此，在缺乏合同明确约定的情况下，可以参考行业惯例来协商解决。
法律建议：
- 为了避免因出差补贴的承担问题而产生纠纷，建议甲乙双方在签订合同时就明确约定出差补贴的承担方、标准以及支付方式等条款。
- 如果合同已经签订但未明确约定出差补贴的承担问题，双方可以协商补充协议或进行口头约定，并尽量以书面形式记录下来，以便在发生纠纷时作为证据使用。
- 如果双方无法就出差补贴的承担问题达成一致意见，那么可以寻求法律途径解决纠纷。在这种情况下，建议双方咨询专业律师的意见，以便更好地维护自己的合法权益。
总结来说，乙方公司的出差补贴是否应由甲方承担，主要取决于双方合同的约定以及相关法律法规和行业惯例。在签订合同时，双方应明确约定相关条款以避免纠纷；在合同未明确约定的情况下，双方可以协商解决或寻求法律途径来维护自己的权益。如果您有任何具体的法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。