关于病假超过30天如何扣除病假工资的问题，这实际上涉及到病假工资的计算方法，需要综合考虑计算基数和计算系数，并确保最终支付的金额不低于当地最低工资标准的80%。以下是一个详细且清晰的解答：

一、病假工资的计算基数

1. 劳动合同有明确约定：

   • 如果劳动合同中已经明确规定了病假工资的计算基数，并且这个基数不低于当地的最低工资标准，那么我们就直接按照劳动合同中的约定来执行。

2. 集体合同有约定：

   • 如果劳动合同中没有约定，但集体合同（即工资集体协议）中有相关规定，那么我们就按照集体合同中的标准来确定病假工资的计算基数。如果集体合同中的标准高于劳动合同中的约定，我们以集体合同为准。

3. 无约定情况：

   • 如果劳动合同和集体合同都没有对病假工资的计算基数作出约定，那么可以由用人单位与职工代表通过工资集体协商来确定，并签订工资集体协议。
   • 在没有任何约定的情况下，病假工资的计算基数通常按照劳动者本人所在岗位正常出勤月工资的70%来确定，但这个基数不得低于当地的最低工资标准。

二、病假工资的计算系数

对于病假工资的计算系数，它主要取决于员工的连续工龄以及病假的时长：

1. 连续休假6个月以内：

   • 连续工龄不满2年的员工，病假工资按本人工资的60%计发。
   • 连续工龄满2年不满4年的员工，病假工资按70%计发。
   • 连续工龄满4年不满6年的员工，病假工资按80%计发。
   • 连续工龄满6年不满8年的员工，病假工资按90%计发。
   • 连续工龄满8年及以上的员工，病假工资按100%计发。

2. 连续休假超过6个月：

   • 此时支付的不再是病假工资，而是疾病救济费。
   • 连续工龄不满1年的员工，疾病救济费按本人工资的40%计发。
   • 连续工龄满1年不满3年的员工，疾病救济费按50%计发。
   • 连续工龄满3年及以上的员工，疾病救济费按60%计发。

三、具体计算方法与实例

• 计算公式：月病假工资 = 病假工资的计算基数 × 相应的病假工资计算系数。如果病假不足一个月，可以按照实际病假天数来计算，即：日病假工资 = 月病假工资 ÷ 当月应出勤天数 × 实际病假天数。

• 实例说明：假设某员工月工资为4000元，连续工龄满5年（即满4年不满6年的下一个档次，按80%计发），因病连续休假35天（超过30天，但仍在6个月以内），其病假工资计算基数按70%确定（即2800元），计算系数为80%。则该员工的月病假工资为：2800元 × 80% = 2240元。如果按实际病假天数35天算（假设当月应出勤天数为21.75天，为常见月计薪天数），则日病假工资约为2240元 ÷ 21.75天 ≈ 103元/天，35天病假工资约为103元/天 × 35天 = 3605元（但此处我们通常按月计算后，再根据实际需求调整，若只需知道月病假工资则直接为2240元，若需知道某段时间内则按比例调整）。不过，更精确且常用的做法是直接按月病假工资标准，根据实际病假月份或天数占整月的比例来折算，如35天接近1.6个月（35/21.75≈1.6），则病假工资约为2240元 × (³⁵⁄₂₁.75的实际比例调整，但通常按月计发，此处仅为说明计算方式)，实际操作中多按月计发后按需处理。重要的是理解计算逻辑。

四、法律底线与注意事项

• 无论病假时长如何，病假工资或疾病救济费的支付都不得低于当地最低工资标准的80%。
• 在处理病假工资问题时，用人单位应严格遵守相关法律法规以及自身的规章制度。
• 如果员工对病假工资的计算有疑问或需要进一步的法律咨询，建议寻求专业律师的帮助。

综上所述，病假超过30天的工资扣除（或更准确地说，是病假工资的支付）需要综合考虑计算基数和计算系数，并确保不低于当地最低工资标准的80%。希望这个解答能够帮助您更好地理解病假工资的计算方法。