病假超过三天时，工资扣除方式需根据具体情况确定，主要取决于公司规章制度、劳动合同约定以及地方性法规的规定。以下分情况详细说明：

1. 公司规章制度与劳动合同的约定
   根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》及《劳动合同法》，用人单位有权在合法范围内制定病假工资支付标准，但需满足以下条件：

   • 规章制度合法性：公司规章制度需经民主程序制定（如职工代表大会讨论、公示等），且内容不违反法律强制性规定（如不得低于当地最低工资标准的80%）。
     
   • 劳动合同优先：若劳动合同中明确约定了病假工资计算方式（如按固定比例扣除），且该约定不违反法律，则以合同为准。
     
   • 示例：若公司规定“病假超过3天，按日工资的50%发放”，且该规定合法，则需按此执行；若合同约定“病假期间全额发放工资”，则公司不得扣除。

2. 地方性法规的特殊规定
   部分地区对病假工资有更高保护标准，需优先适用地方规定。例如：

   • 上海：根据《上海市企业工资支付办法》，病假工资不得低于当年本市职工月最低工资标准的80%，且连续病假6个月内的，按工龄分段计算比例（如工龄满8年，按工资100%发放）。
     
   • 广东：规定病假工资不得低于当地最低工资标准的80%，且公司需支付“疾病救济费”（若病假超过一定期限）。
     
   • 建议：需查询您所在地区的具体规定，可通过当地人社局官网或拨打12333咨询。

3. 医疗期与工资支付的关联
   若病假时间超过法定医疗期（根据工龄和在本单位工作年限确定，如3-24个月），公司可依法解除劳动合同，但需支付经济补偿金；若未超过医疗期，公司不得以病假为由解除合同，且需支付病假工资。

   • 示例：员工工龄10年，在本单位工作5年，医疗期为6个月。若病假4个月（未超医疗期），公司需支付病假工资；若病假7个月（超医疗期），公司可解除合同并支付补偿。

4. 工资扣除的合法边界
   即使公司规章制度合法，扣除工资时也需遵守以下限制：

   • 最低工资保障：病假工资不得低于当地最低工资标准的80%（部分地区如上海有更高标准）。
     
   • 扣除比例限制：除法定情形（如代扣社保、个税）外，公司不得随意扩大扣除范围。
     
   • 示例：若员工日工资为300元，当地最低工资标准为2000元/月（日工资约92元），则病假工资每日不得低于73.6元（92×80%），即使公司规定扣除50%，实际发放也不得低于此标准。

行动建议：

1. 核查公司制度：查看劳动合同、员工手册中关于病假工资的条款，确认是否合法且明确。
   
2. 咨询当地政策：通过人社局官网或12333热线，了解您所在地区对病假工资的特殊规定。
   
3. 保留证据：若公司违法扣除工资，保留病假证明、工资条、规章制度等证据，可通过劳动仲裁维权。
   

如有进一步疑问（如具体地区规定、公司制度合法性判断等），可直接向我咨询，我会结合您的实际情况详细解答。