劳动规章制度制定程序违法，可能会导致该规章制度无效，进而在劳动争议中无法作为用人单位管理依据，同时用人单位还可能面临行政处罚及赔偿劳动者损失等法律后果。以下从不同角度详细分析：

一、规章制度无效，无法作为管理依据

根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条的规定，用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。如果用人单位在制定规章制度时未遵循上述法定程序，那么该规章制度可能因程序违法而被认定为无效。

举例说明：假设某公司制定了一项关于加班的规定，但未经职工代表大会或全体职工讨论，也未与工会或职工代表平等协商，而是直接由公司管理层决定并实施。如果后续因该规定引发劳动争议，劳动者可以主张该规定程序违法而无效，公司不能以此规定作为管理依据。

二、面临行政处罚

除了规章制度无效外，用人单位还可能因制定程序违法而面临行政处罚。根据《劳动保障监察条例》的相关规定，劳动保障行政部门有权对用人单位制定内部劳动保障规章制度的情况进行监督检查，并对违法行为进行处罚。

具体处罚措施可能包括：责令改正、警告、罚款等。如果用人单位的违法行为情节严重，还可能受到更严厉的处罚。

三、赔偿劳动者损失

如果因规章制度制定程序违法给劳动者造成损失的，用人单位还应当承担赔偿责任。这包括因规章制度无效导致劳动者无法享受应有的权益（如加班费、休假等）而遭受的损失，以及因规章制度违法实施而对劳动者造成的其他直接经济损失。

举例说明：如果公司因规章制度程序违法而未能按时支付劳动者加班费，劳动者有权要求公司支付加班费及因拖欠加班费而产生的利息或违约金等损失。

四、法律建议

1. 严格遵守法定程序：用人单位在制定涉及劳动者切身利益的规章制度时，务必严格遵守法定程序，确保规章制度的合法性和有效性。
2. 加强内部沟通：在制定规章制度过程中，加强与职工代表或工会的沟通协商，充分听取他们的意见和建议，确保规章制度的合理性和可行性。
3. 及时审查更新：随着法律法规的更新和公司实际情况的变化，及时审查并更新规章制度，确保其始终符合法律法规的要求和公司的实际需求。

如果您在劳动规章制度制定或劳动争议方面遇到任何问题，欢迎直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供详细的法律建议。