企业规章制度违法的后果主要包括行政责任、民事赔偿责任以及可能引发的劳动纠纷处理风险，具体如下：
一、行政责任
警告与责令改正：
- 当企业的规章制度违反法律法规时，劳动行政部门有权给予警告，并责令企业限期改正。这是对企业违法行为的一种初步制裁，旨在促使企业及时纠正错误，避免违法行为继续扩大。
罚款：
- 在某些情况下，劳动行政部门还可能对企业处以罚款。罚款的数额通常根据违法行为的性质、严重程度以及企业的规模等因素来确定，旨在通过经济手段惩罚企业的违法行为。
二、民事赔偿责任
赔偿劳动者损失：
- 如果企业的规章制度违法，并给劳动者造成了损害，企业需要承担赔偿责任。这包括因规章制度违法导致的劳动者工资损失、福利损失、精神损害等。赔偿的范围和数额将根据劳动者的实际损失和企业的过错程度来确定。
被迫解除劳动合同的经济补偿金：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，如果企业的规章制度违法，劳动者有权提出被迫解除劳动合同，并要求企业支付经济补偿金。经济补偿金的数额通常根据劳动者在企业的工作年限、工资水平等因素来确定。
三、劳动纠纷处理风险
劳动争议仲裁与诉讼：
- 企业规章制度违法可能引发劳动争议，劳动者可能向劳动争议仲裁机构或人民法院提起仲裁或诉讼。这将导致企业面临法律程序，增加企业的法律成本和时间成本。
声誉损害：
- 规章制度违法还可能对企业的声誉造成损害。在当今社会，企业的声誉对于其业务发展、合作伙伴选择等方面都具有重要影响。一旦企业的规章制度被曝光为违法，将可能影响其与客户、供应商等合作伙伴的关系，进而对企业的业务发展产生负面影响。
四、具体案例与法律条款支撑
案例支撑：
- 例如，某企业因规章制度中规定了不合理的加班制度，导致员工长时间加班且未获得相应加班费。员工因此向劳动争议仲裁机构提起仲裁，要求企业支付加班费并赔偿损失。最终，仲裁机构裁决企业支付员工加班费及赔偿金，并对企业的规章制度进行了纠正。
法律条款支撑：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第八十条：“用人单位直接涉及劳动者切身利益的规章制度违反法律、法规规定的，由劳动行政部门责令改正，给予警告；给劳动者造成损害的，应当承担赔偿责任。”
- 同时，根据《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律问题的解释（一）》的相关规定，劳动者以用人单位违法解除劳动合同为由请求用人单位支付赔偿金的，人民法院应予支持（在符合相关条件的情况下）。
五、建议与措施
完善规章制度：
- 企业应定期审查并更新其规章制度，确保其符合法律法规的要求。在制定或修改规章制度时，应充分征求员工的意见，确保规章制度的合理性和合法性。
加强法律培训：
- 企业应加强对员工的法律培训，提高员工的法律意识。通过培训，使员工了解企业的规章制度以及相关的法律法规，从而避免违法行为的发生。
建立监督机制：
- 企业应建立内部监督机制，对规章制度的执行情况进行定期检查。一旦发现违法行为，应及时进行纠正和处理，避免违法行为继续扩大。
作为程保华律师，我建议企业在制定和执行规章制度时务必谨慎行事，确保规章制度的合法性和合理性。如果企业在规章制度方面遇到任何法律问题或困惑，可以直接向我咨询，我将竭诚为您提供专业的法律服务。