若发包方将工程款支付到分公司，您想以分公司为被告进行起诉，核心结论及操作要点如下：
- 确认分公司是否具备诉讼主体资格
根据《公司法》第十四条及《民法典》第七十四条，分公司虽不具有独立法人资格，但若其依法登记并领取营业执照，可在总公司授权范围内以自己名义从事民事活动，并独立承担民事责任。因此：
- 若分公司已登记并领取营业执照：可直接以分公司为被告起诉，要求其支付工程款或承担违约责任。
- 若分公司未登记或未领取营业执照：需以总公司为被告，分公司作为总公司的分支机构，其民事责任由总公司承担。
- 起诉分公司的具体操作步骤
（1）准备证据材料：
- 合同文件：需证明您与分公司（或总公司）存在工程承包/分包关系，合同中应明确约定工程款支付方式、账户信息等。
- 付款凭证：如银行转账记录、发票等，证明发包方已将工程款支付至分公司账户。
- 沟通记录：若与分公司或总公司就工程款支付问题有过协商，需保留书面或录音证据。
（2）确定管辖法院：
根据《民事诉讼法》第二十四条，因合同纠纷提起的诉讼，由被告住所地或合同履行地法院管辖。因此：
- 若分公司住所地与合同履行地一致，可直接向该地法院起诉。
- 若不一致，可选择向分公司住所地或合同履行地法院起诉，需结合案件具体情况（如证据收集、诉讼成本等）综合判断。
（3）撰写起诉状并提交：
起诉状需明确原告、被告信息、诉讼请求（如要求分公司支付工程款及利息）、事实与理由（需结合证据说明分公司未履行付款义务）、证据清单等。提交至有管辖权的法院后，需缴纳诉讼费并等待法院立案审查。
- 特殊情形处理
- 若分公司与总公司存在财产混同：如分公司无独立财产，或总公司随意调拨分公司资金，可申请追加总公司为共同被告，要求其承担连带责任。
- 若合同相对方为总公司：即使工程款支付至分公司账户，若合同系与总公司签订，仍需以总公司为被告，但可主张分公司实际收取款项的事实作为证据。
提示：起诉前建议通过律师函、协商等方式尝试解决纠纷，若协商无果，再启动诉讼程序。若您需进一步分析案件细节或起草法律文书，可直接向我咨询。