针对您与总公司签订合同，但将工程款付到分公司，现总公司起诉未支付工程款的情况，您可以从以下几个角度进行抗辩：

1. 合同实际履行情况抗辩：

   • 核心要点：首先，您需要证明虽然合同是与总公司签订的，但实际履行过程中，分公司作为总公司的分支机构，已经实际接收并使用了工程款，且这一行为得到了总公司的默许或认可。
   • 法律依据与解释：根据《公司法》及相关司法解释，分公司作为总公司的分支机构，虽然不具有独立的法人资格，但在总公司授权范围内可以从事民事活动，其民事责任由总公司承担。若您能证明分公司接收工程款的行为是在总公司授权或默许下进行的，那么可以认为您已经履行了合同义务。
   • 证据收集：收集与分公司之间的付款凭证、沟通记录、授权文件等，以证明分公司接收工程款的行为是合法且得到总公司认可的。

2. 表见代理抗辩：

   • 核心要点：如果分公司接收工程款的行为在外观上足以使您相信其有权代表总公司，且您在此过程中并无过错，那么可以构成表见代理，您无需对总公司的起诉承担责任。
   • 法律依据与解释：表见代理是指行为人虽无代理权，但因被代理人的行为造成了足以使善意相对人相信其有代理权的表象，而与善意相对人进行的、由本人承担法律后果的代理行为。在此情况下，若您能证明分公司接收工程款的行为构成了表见代理，那么您可以主张自己已经履行了合同义务。
   • 证据收集：收集能够证明分公司行为构成表见代理的证据，如分公司出示的总公司授权文件（虽可能为伪造或过期，但外观上足以使人相信）、双方之前的交易习惯等。

3. 合同变更抗辩：

   • 核心要点：如果您与总公司之间就工程款的支付方式有过变更约定，且这一变更得到了双方的认可，那么您可以主张按照变更后的约定履行义务。
   • 法律依据与解释：根据《民法典》中关于合同变更的规定，当事人协商一致，可以变更合同。若您能证明双方就工程款支付方式有过变更约定，且这一变更并未违反法律法规的强制性规定，那么您可以主张按照变更后的约定支付工程款。
   • 证据收集：收集能够证明合同变更的证据，如双方签订的补充协议、变更通知、沟通记录等。

4. 诉讼时效抗辩：

   • 核心要点：如果总公司起诉时已经超过了法律规定的诉讼时效期间，那么您可以主张诉讼时效抗辩，要求法院驳回总公司的诉讼请求。
   • 法律依据与解释：根据《民法典》中关于诉讼时效的规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。若总公司起诉时已经超过了这一期间，且无法证明存在诉讼时效中断、中止等情形，那么您可以主张诉讼时效抗辩。
   • 证据收集：收集能够证明总公司起诉时已经超过诉讼时效期间的证据，如合同签订时间、最后一次付款时间、沟通记录等。

在抗辩过程中，您还需要注意以下几点：

• 及时应诉：在收到法院的起诉状后，务必在规定的时间内提交答辩状，以免错过应诉期限。
• 准备充分证据：根据上述抗辩角度，准备充分的证据以支持您的抗辩主张。
• 寻求专业法律帮助：由于法律问题具有复杂性，建议您在抗辩过程中寻求专业律师的帮助，以确保您的权益得到充分保护。

若您在此过程中有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况，为您提供更详细的法律建议和指导。