在分公司与对方签订合同且对方未付款的情况下，是否由总公司作为原告起诉，需根据分公司的民事诉讼主体资格及合同签订的具体情况来确定。以下从不同角度进行分析：
一、分公司具有诉讼主体资格的情况
分公司独立签订合同且具备独立承担民事责任能力：
- 如果分公司以自己的名义独立签订合同，并且具备独立承担民事责任的能力（例如，分公司拥有独立的财产、能够独立核算等），那么分公司可以作为原告直接起诉对方要求支付款项。
- 在此情况下，分公司作为合同的一方当事人，享有合同权利并承担合同义务，因此有权以自己的名义提起诉讼。
法律依据：
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释，依法设立并领取营业执照的分支机构，可以作为民事诉讼的当事人。这意味着分公司具有诉讼主体资格，可以独立参与诉讼活动。
二、分公司不具有独立诉讼主体资格或需总公司支持的情况
分公司虽签订合同但无法独立承担民事责任：
- 如果分公司虽然以自己的名义签订了合同，但由于其不具备独立承担民事责任的能力（例如，分公司没有独立的财产、无法独立核算等），那么在这种情况下，可能需要由总公司作为原告或共同原告参与诉讼。
- 总公司作为分公司的上级机构，对分公司的经营活动负有监督和管理责任，因此在分公司无法独立承担民事责任时，总公司可能需要介入并承担相应的法律责任。
合同中明确约定总公司为合同主体或需总公司确认：
- 如果合同中明确约定总公司为合同的一方当事人，或者虽然合同由分公司签订但需要总公司进行确认或追认，那么在这种情况下，总公司作为合同的实际主体或确认方，有权作为原告起诉对方。
实际操作建议：
- 在决定是否由总公司作为原告起诉时，应首先审查分公司的营业执照、组织机构代码证等文件，确认其是否具备独立承担民事责任的能力。
- 同时，应仔细审查合同条款，确认合同中是否明确约定了总公司或分公司的权利和义务。
- 如果分公司无法独立承担民事责任或合同中存在不明确之处，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议。
三、诉讼流程与注意事项
准备起诉材料：
- 无论是由分公司还是总公司作为原告起诉，都需要准备起诉状、证据材料等文件。起诉状应详细记明原告和被告的信息、诉讼请求、事实与理由等。
- 证据材料应包括合同文本、付款凭证、往来函件等能够证明合同关系及对方违约事实的文件。
递交起诉状和证据：
- 将准备好的起诉状和证据递交给有管辖权的人民法院。根据合同约定或法律规定确定管辖法院。
等待法院受理和开庭：
- 法院在收到起诉材料后，会进行审查并决定是否受理。如果受理，将会安排开庭时间并通知双方当事人。
执行判决：
- 如果法院判决对方支付款项但对方未履行判决义务，可以申请法院强制执行以维护自身合法权益。
总结来说，在分公司与对方签订合同且对方未付款的情况下，是否由总公司作为原告起诉需根据分公司的民事诉讼主体资格及合同签订的具体情况来确定。如果分公司具备独立承担民事责任的能力且合同中未明确约定总公司为合同主体，那么分公司可以作为原告起诉；否则，可能需要由总公司作为原告或共同原告参与诉讼。在处理此类纠纷时，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议和指导。