分公司可以起诉总公司拖欠工程款。分公司虽然没有独立的法人格，但其民事责任由总公司承担，因此在总公司拖欠分公司工程款的情况下，分公司有权向法院提起诉讼，要求总公司支付拖欠的工程款。

法律依据

根据《公司法》第十四条规定：“公司可以设立分公司。设立分公司，应当向公司登记机关申请登记，领取营业执照。分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。”这一条款明确指出了分公司与总公司之间的法律关系，即分公司作为总公司的分支机构，其民事责任最终由总公司承担。

判例支持

在实际司法实践中，也有类似的判例支持分公司起诉总公司拖欠款项。法院在审理此类案件时，会依据《公司法》的相关规定，认定总公司对分公司的债务承担清偿责任。因此，分公司可以放心地通过法律途径来维护自己的合法权益。

诉讼建议

1. 收集证据：在提起诉讼前，分公司应尽可能收集与拖欠工程款相关的证据，如合同、发票、付款记录等，以证明总公司的拖欠行为。
2. 明确诉讼请求：在起诉时，分公司应明确自己的诉讼请求，即要求总公司支付拖欠的工程款及可能产生的利息、违约金等。
3. 选择适当的法院：根据《民事诉讼法》的相关规定，分公司可以选择向总公司所在地的法院或者合同履行地的法院提起诉讼。
4. 聘请专业律师：虽然我可以提供法律咨询，但在实际诉讼过程中，分公司还是建议聘请专业的律师来代理案件，以确保诉讼的顺利进行和权益的有效维护。

综上所述，分公司完全有权起诉总公司拖欠工程款，并且在实际司法实践中也有相应的判例支持。在提起诉讼前，分公司应做好充分的准备和规划，以确保诉讼的成功和权益的维护。