针对您提出的“怀孕的员工违反规章制度如何处理”的问题，这确实是一个需要细致且谨慎对待的情况。首先，我们要明确的是，我国法律对“三期”（孕期、产期、哺乳期）女职工的权益有着特别的保护规定。

一、法律对“三期”女职工的保护

根据《劳动合同法》的相关规定，女职工在孕期、产期、哺乳期的，除非具备严重违反用人单位规章制度、严重失职给用人单位造成重大损害、同时与其他用人单位建立劳动关系对完成本单位的工作任务造成严重影响、被依法追究刑事责任等自身有重大过错的法定情形，用人单位不得解除劳动合同。这意味着，在一般情况下，即使女职工怀孕，用人单位也不能随意解除其劳动合同。

二、怀孕员工违反规章制度的具体处理

1. 判断违规行为的严重性：

   • 如果怀孕员工的违规行为并不严重，比如偶尔的迟到或轻微的工作疏忽，且未对用人单位造成实质性损害，那么用人单位应当采取更为宽容和人性化的处理方式，如口头警告、书面提醒等，而不是直接解除劳动合同。

2. 考虑违规行为与怀孕的关联性：

   • 如果违规行为是由于怀孕导致的身体不适或特殊情况（如需要频繁就医、休息等），用人单位应当给予理解和支持，并尽可能提供必要的帮助和调整工作安排。

3. 遵循合法、合理、善意的原则：

   • 如果怀孕员工的违规行为确实严重，且符合法律规定的解除劳动合同的情形（如严重违反规章制度、严重失职等），用人单位在解除劳动合同时也应当遵循合法、合理、善意的原则。这包括确保规章制度的合法性、合理性，以及解除劳动合同的程序正当性。

4. 参考具体案例：

   • 以您提供的上海某公司辞退孕期员工案为例，法院在审理时考虑了公司制度的合理性、员工行为的严重性以及“三期”女职工的特殊保护需求。最终，法院认为公司以员工日工时不满8小时作早退论缺乏依据亦不合理，且员工的行为并未达到解除劳动合同的严重程度，因此判决双方恢复劳动关系。

三、建议与总结

• 建议用人单位：在处理怀孕员工违反规章制度的问题时，应当更加谨慎和人性化。首先，要确保规章制度的合法性和合理性；其次，要充分考虑怀孕员工的特殊情况和需求；最后，在解除劳动合同时要遵循合法、合理、善意的原则，并确保程序正当。

• 总结：怀孕员工违反规章制度并不意味着用人单位可以随意解除劳动合同。在处理此类问题时，用人单位应当遵循法律的规定和原则，充分考虑怀孕员工的特殊情况和需求，并采取合法、合理、人性化的处理方式。